省发展改革委会同省太湖办，在汇总省各行业主管部门及流域五市意见的基础上，牵头编制“年度太湖治理项目投资指南”，用于规范和引导治太项目储备库建设及年度项目安排。
(二)建立项目储备库动态调整机制。
建立太湖治理项目动态调整机制，实现项目储备库滚动管理。为提高地方治太项目安排的可实施性，允许地方政府根据本区域太湖治理工作实施情况以及“年度太湖治理项目投资指南”，对入库项目执行情况进行评估，并对入库项目申请调整。对实施条件已经发生变化的项目，可申请调出储备库;有建设必要的项目，可申请补充调入储备库。申请调出和调入的项目，由地方发展改革委审核后，按程序向省发展改革委申报调整。
(三)制订年度项目实施计划。
地方政府应根据《总体方案修编》《省实施方案修编》以及本区域太湖治理需求，编制本区域至2020年前各年度项目安排计划，并依据项目投资指南和储备库项目状况制订当年项目实施计划。
(四)投资安排。
根据《总体方案修编》《省实施方案修编》未实施项目、省治太年度动态调整新增项目的统计，目前共有585个项目列入《“十三五”行动方案》，匡算总投资515亿元，重点实施七大类工程。
五、保障措施
(一)加强组织管理，强化监督考核。
省政府加强对太湖治理的组织领导，进一步明确并强化各地各部门责任。流域各地人民政府作为太湖治理第一责任主体，实行党政同责、一岗双责，高度重视流域水环境综合治理，加强组织领导，明确部门职责，逐级落实行动方案治理目标和任务，逐级签订治太工作责任状，层层分解，责任到人，并纳入干部政绩考核体系。建立健全治太工作考核通报、约谈、问责机制。加强太湖治理督查考核，强化省、市、县(市、区)三级考核体系，并将考核延伸至乡镇(街道)。
省发展改革委会同省太湖办、省环保厅、省水利厅等相关部门编制“年度太湖治理项目投资指南”，负责项目储备库建设及管理。省太湖办负责制定太湖水污染治理年度目标责任书并强化目标责任书管理，会同省环保厅、省水利厅等有关部门加大重点断面水质、污染物减排及水功能区的考核力度，完善部门、地方联合督查机制，加强目标责任书检查。
全面深化河长制，赋予河长明确的工作任务、职责要求，探索民间河长。进一步发挥太湖治理专项资金项目数据库作用，统筹省级部门项目检查、绩效评估、项目审计以及地方相关部门的监督考核工作。省行业主管部门应抓好专项规划编制、政策引导、技术指导，制定和完善各类项目建设、运行管理标准规范，监督指导地方组织实施。地方政府应扎实做好项目前期工作，严格执行建设程序，确保工程建设质量，强化工程运行管理。