此外，由于在征地过程中，国土部门和林业部门对林地面积的勘界依据不同，且山西省的上述两部门没有进行有效协调，导致2008年至2015年在山西省开展铁路建设的项目单位重复缴纳征地补偿费3489.02万元。
（二）部分考核、备案、资格认定事项未取消，前置审批条件多。
1．部分工业产品生产许可审批前置条件较多。质检总局印发的相关工业产品生产许可的实施细则中，要求企业在办理工业产品生产许可证时提供不属于《中华人民共和国工业产品生产许可证管理条例》明确要求的环保证明、土地证明等资料作为审批前置条件，涉及20类、50种产品，造成企业在行政审批中手续繁琐。
2．2015年9月，深圳市政府明确，深圳市交通运输委不再实施机动车驾驶员培训机构质量信誉考核、开设和撤销招生经营点（报名点）备案等5项工作。截至2016年6月末，深圳市交通运输委仍在开展上述考核、备案工作。
3．20 个建设项目安全预评价报告仍进行备案。安全监管总局2015年印发办法，对除该办法第七条规定以外的其他建设项目，生产经营单位安全生产条件和设施综合分析书面报告可采取备查方式。但贵州省未相应修订《贵州省冶金等工贸企业建设项目安全设施“三同时”监督管理实施办法》，2015年5月1日至2016年6 月25日，贵州省、遵义市、贵安新区、贵阳市及其下属1个区的安全生产监督管理部门仍分别对20个建设项目安全预评价报告进行了备案或编号登记，并对有的报告出具了回复意见。
4．“QC小组活动诊断师”职业资格未实际取消。2014年，国务院发文取消了“QC小组活动诊断师”。经查，在未向有关部门申请备案的情况下，该职业资格实际已于2007年1月由国资委管理的中国机械工业质量管理协会以“全国性机械工业群众性质量管理活动诊断师”取代。2015年，该协会仍继续对“全国性机械工业群众性质量管理活动诊断师”进行续证登记，对新申报该职业资格的人员进行培训。
（三）部分行政审批和中介服务事项清理下放后未能有效承接。
1． “境外飞行员执照确认”等6项行政审批中介服务事项清理后配套保障措施未及时出台。2016年2月，国务院要求民航局“境外飞行员执照确认”等6项行政审批中介服务事项不再由申请人委托中介机构办理，改由审批部门委托有关机构开展技术性服务。截至2016年6月25日，民航局尚未出台与上述改革相配套的具体保障措施，导致有的委托机构使用自筹经费开展技术服务工作。
2．“人体器官移植医师执业资格认定”行政审批事项下放承接工作不到位。 2014年7月，国务院要求将“人体器官移植医师执业资格认定”下放至省级卫生计生行政主管部门。由于指导该行政许可事项承接工作的相关文件尚未出台，截至2016年6月25日，仅陕西、甘肃、四川、重庆、广西、海南等6省区市制定了人体器官移植医师执业资格认定过渡期管理的文件、方案或流程并承接了相应工作；其余25个省尚未明确相关承接工作。
3．基本医疗保险定点零售药店资格审查和基本医疗保险定点医疗机构资格审查事项（以下简称“两定资格审查”）取消后，承接工作不到位。2015年10月，国务院发文取消“两定资格审查”事项，并要求各地区、各部门切实加强事中事后监管。截至2016 年6月末，河南省包括省本级在内的15个医疗统筹地区尚未制定并公开医药机构服务协议管理办法，暂停了各类医药机构的申请受理，2015年10月至 2016年6月25日没有新的医药机构纳入协议管理，影响医保群众就医便利。
（四）重复监管与事中、事后监管不到位并存。
1．酒类行业流通环节存在商务部门与食品药品监督部门重复监管。根据《食品经营许可管理办法》（2015年国家食品药品监督管理总局第17号令）相关规定，酒类在流通环节须取得食品经营许可证；而《酒类流通管理办法》（2005年商务部第25号令）同时要求，酒类流通实行经营者备案登记制度和溯源制度，造成部门重复监管。截至2016年6月末，除四川、广东、海南3个省将酒类流通管理职能整体划转至食品药品监督管理部门外，其他省仍要求酒类经营者在取得食品经营许可证后再进行酒类流通备案登记或行政许可。
2．“先照后证”改革后部分药品企业未及时纳入协同监管。2016年1月至5月，海南省海口市工商局和龙华区工商局按照“先照后证”登记设立的药品企业中，有19家药品企业的部分经营活动需要取得食品药品监管部门的药品生产或经营许可，而工商部门未按国务院要求履行“双告知”职责，及时告知食品药品监管部门企业登记情况。截至2016年6月，有5家企业未纳入食品药品监督部门的业务监管范围。
3．监管不到位，2家水泥企业使用应淘汰的落后设备无证生产水泥57.15万吨。2013年以来，重庆云阳水泥股份有限公司、云阳县红旗水泥有限公司使用5台应淘汰的水泥磨机，无证生产水泥57.15万吨。重庆市云阳县人民政府在2015年5月已知晓云阳县红旗水泥有限公司生产许可证早已到期、夜间偷开生产的情况下，未采取有效监管措施制止上述企业无证生产的行为。
（五）信息平台建设不及时或在线办理率低，影响政务服务效率。
1．63 件行政许可事项未按要求实现“一个窗口”受理、网上办理，“阳光审批”工作落实不到位。2014年12月，国家能源局驻国家发展改革委政务服务大厅和行政审批在线办事系统上线运行以来，国家能源局共受理行政许可事项84件，其中63件未通过国家能源局驻国家发展改革委政务服务大厅和行政审批在线办事系统接收办理，也未主动公开受理进展情况。
2．13个县（市）未纳入投资项目在线审批监管平台管理。2014年12月，国务院要求建设投资项目在线审批监管平台要实现全国范围的纵向贯通、覆盖全国，加快实现网上办理，2015年底之前试运行。截至2016年6月25日，江苏省投资项目在线审批监管平台未实现省、市、县三级全面纵向贯通，仍有滨海县等13个县（市）未纳入江苏省投资项目在线审批监管平台管理。
3．14家医院电子病历系统建设未能完成，不利于推进区域内医疗卫生信息资源和业务协同。国务院要求医院积极推进以医院管理和电子病历为重点的医院信息系统建设，2015年底前基本完成，逐步实现医院基本业务信息系统的数据交换和共享。截至2016年6月25日，吉林省参与县级公立医院改革的75家医院中，有14家医院仍未建立电子病历系统。