加快推进重点流域整治。广州、深圳、佛山、东莞市要抓紧推进流域内村镇工业区改造升级;深圳、东莞市要继续完善茅洲河流域污水处理系统建设，加快淘汰重污染企业;汕头、揭阳市要加快练江流域环境基础设施建设，推动印染企业搬迁入园，优先布局和治理流域内纺织服装全产业链的重污染环节。组织开展污染源摸查，有针对性开展整治。依法依规加强对小散工业管控，强化畜禽养殖规范化管理。到2020年，广佛跨界水体交接断面水质达标，珠江广州河段水质达到 IV 类;小东江水质达到IV类;茅洲河、练江水质达到Ⅴ类;淡水河、石马河水质达到Ⅴ类。
第五节 强化重点工业源大气污染物减排
深入推进燃煤电厂升级改造。重点推进现役30万千瓦及以上公用燃煤发电机组、10万千瓦及以上自备燃煤发电机组以及其他有条件的燃煤发电机组实施环保升级改造，2017年底完成77台(3910.2万千瓦)。鼓励采用成熟适用的环保改造技术，实施废水处理工程零排放、输煤系统无动力除尘等环保措施改造。推进珠三角地区自备燃煤电站天然气替代改造工作。
深化重点污染源大气污染治理。全省禁止新建 10 蒸吨/小时以下燃用高污染燃料的锅炉。加快城市建成区、高污染燃料禁燃区、热网覆盖范围内的10 蒸吨/小时以下的高污染燃料锅炉的更新替代。加强锅炉在线监测系统建设，推进不能稳定达标的在用锅炉开展烟气高效脱硫、脱硝、除尘改造。加强生物质成型燃料锅炉燃料使用和污染物排放监管。钢铁烧结机升级改造除尘设施并逐步取消烟气脱硫旁路，综合脱硫效率达到85%以上;完成平板玻璃生产线脱硝设施建设，并配套完善烟气在线监测系统和中控系统;推进陶瓷制造企业改燃天然气等清洁能源。
第六节 强化挥发性有机物排放控制
全面实施工业源挥发性有机物排放治理。推动重点行业开展VOCs挥发性有机物综合治理。完善省级和市级重点监管企业名录，将VOCs年排放量10吨以上的企业逐步纳入市级重点监管企业管理。开展重点监管企业“一企一策”防治工作，推进重点监管企业末端处理装置安装VOCs在线监测设备，启动 “一企一档”动态信息管理系统建设。强化源头控制，使用低挥发性的原辅材料，加快水性涂料、水性油墨等推广应用，选用先进的清洁生产和密闭化工艺，实现设备、装置、管线等密闭化，配备高效有机废气收集系统。2017年底前省级重点监管企业整治任务量完成率不低于60%;2020年底前市级重点监管企业全面完成挥发性有机物综合整治工作。全面推广泄漏检测与修复(LDAR)技术， 2017年底前全省所有石油炼制企业、有机化工和医药化工等重点企业全面应用LDAR技术。加强对加油站、储油库和油罐车油气回收治理设施的监督管理。
推进生活源挥发性有机物排放控制。在建筑装饰装修行业推广使用符合环保要求的水性或低挥发性建筑涂料、木器漆和胶粘剂。建立涂料产品政府绿色采购制度，优先采用水性或低挥发性产品。在服装干洗行业淘汰开启式干洗机，推广使用配备制冷溶剂回收系统的封闭式干洗机。加强餐饮油烟污染治理，2017年底前，城市建成区所有排放油烟的餐饮企业和单位食堂安装高效油烟净化设施。
第七节 强化移动源污染综合治理
强化机动车污染防治。提升新车环保准入标准。未达到机动车污染物排放标准的机动车，不予办理注册登记。通过现场检查、抽样检测等方式，加强对新生产、销售机动车大气污染物排放状况和车用成品油质量监督检查。加大黄标车淘汰力度。全面启动黄标车电子执法，加快推进环保、公安部门黄标车数据实时交换，开展跨区域联合电子执法，有条件的地市实现全区域限行。加强机动车环保监管，加大机动车集中停放地、维修地监督抽检力度，重点抽测大中型客车和重中型货车排放，综合运用现场抽检和遥感监测等手段强化机动车排气路检。2017年底前全省全面采用简易工况法进行机动车排气环保定期检测。
实施非道路移动机械污染防治。开展非道路移动机械排放调查及政策研究工作。按照环境保护部2016年第5号公告《关于实施国家第三阶段非道路移动机械用柴油机排气污染物排放标准的公告》要求，提升环境准入，严控不达标机械投入使用。加强非道路移动机械排放管理，开展施工机械、车辆环保治理，推进大气污染物后处理装置安装工作。
加强港口船舶污染防治。制定《珠三角水域船舶排放控制区实施意见》，船舶在排放控制区内的沿海港口(包括广州、深圳、珠海和东莞)靠岸停泊时期应使用硫含量不大于5000mg/kg的燃油;内河和江海直达船舶以及江海联运船舶使用符合标准的普通柴油(含硫量不大于50mg/kg)。鼓励并推广港口和船舶的岸电技术改造，重点推进沿海邮轮泊位和大型集装箱、散杂货泊位配套建设岸电设施。新建码头应当规划、设计和建设岸电设施，已建成的码头逐步实施岸电设施改造，船舶靠港后优先使用岸电。提高内河码头岸电利用率，打击船用非标油使用，进一步加大公务船、工作船靠港使用岸电比例。加快推进全省原油、成品油码头完成油气综合治理，以及沿海和内河主要港口轮胎式起重机(RTG)的“油改电”工作，在北江内河运输船舶推广使用LNG动力船舶。