2.全面提高工业企业清洁生产水平。开展新一轮化工、印染、电镀等重点行业专项整治，太湖流域一、二级保护区内建立清洁生产企业清单和清洁化工艺改造项目清单，全面提高企业清洁生产水平。
3.强化化工园规范化建设及管理。加强工业污水接管和深度处理，全面推行工业集聚区企业废水和水污染物纳管总量双控制度，重点行业企业工业废水实行“分类收集、分质处理、一企一管”，完善工业集聚区污水收集配套管网，开展工业集聚区污水集中处理和污水处理厂升级改造，提升工业尾水循环和再生水利用水平。健全重点污染源在线监控系统，加强工业污染源监管。加强环境风险评估和应急处置能力建设，做好突发环境污染事故的及时处置工作。
4.全面强化船舶污染治理。加强船舶港口码头污染控制，增强交通航运污染防治能力。全面提高船舶污染物的搜集能力，完善船舶污染物岸上接收设施建设，港口、码头应当配备船舶污染物、废弃物接收设施和必要的水污染应急设施，加强船舶垃圾收集、水上加油站点的管理，形成配套体系。
(三)城镇生活污染治理。
1.全面推进城镇污水处理厂提标改造。强化污水处理厂运行管理，提高处理水平。执行更加严格的总磷总氮排放要求，尾水排入太湖水系的一级保护区内所有城镇污水处理厂实施氮磷特别排放限值，二级保护区内县以上城市污水处理厂实施氮磷特别排放限值。
2.完善城镇污水处理厂配套管网。完善城镇污水处理厂管网配套，推进雨污分流、老旧管网改造及排水达标区建设。全面加强污水收集管网配套建设和管理维护，尤其是支管网建设，扩大纳管范围，提高城镇污水收集能力，确保污水处理厂运行负荷。结合城镇集中居住区旧城改造、道路改造、新建小区建设，全面实施城镇雨污分流管网建设，重点推进一二级保护区内的城镇雨污分流排水达标区建设，逐步扩大排水达标区。
3.提升污泥规范化处理和城镇垃圾处理水平。推进污泥规范化处置和资源化利用，实施永久性污泥处理处置设施建设。科学规划、合理布局污泥集中处理处置设施，在污泥产生量较大且有条件相对集中处理的区域，建设污泥规范化处理处置利用工程。城镇污水处理厂污泥全部实现无害化处理。推进土地利用及建材利用等低碳环保的污泥处理处置方式，提高城镇污水处理厂污泥资源化利用水平。完善城乡生活垃圾收运体系，加强餐厨废弃物、建筑垃圾处理，建立城镇垃圾分类处置体系。加强生活垃圾污染控制，重点支持生活垃圾填埋场、飞灰填埋场和大中型垃圾中转站等新(改、扩)建工程，提高城乡垃圾的转运和处理能力。对已经达到使用年限的填埋场进行规范化封场治理，组织对简易填埋场进行环境整治。全面实施垃圾处理场(焚烧场)垃圾渗滤液处理设施建设和提标改造工程。
4.推进海绵城市建设。系统推进海绵城市建设，构建健康的城市水生态系统，新建城区硬化地面可渗透面积要达到40%以上。既有建成区要结合棚户区(危旧房)改造、易淹易涝片区整治和城市环境综合整治等项目逐步实施。推进海绵城市示范区、海绵型公园和绿地、建筑与小区、道路与广场、小城镇、村庄等示范建设。
(四)农业面源污染治理。
1.强化畜禽养殖污染治理。推进畜牧业绿色发展，按照“种养结合、以地定畜”的要求，优化畜牧业规划布局，逐步将太湖一级保护建成禁养区。二级保护区实行畜禽养殖总量控制，不得新建、扩建畜禽养殖场。全面规范二、三级保护区内所有养殖场(小区)、养殖专业户养殖行为，取缔所有非法和不符合规范标准的养殖场(小区)、养殖专业户。加强畜禽养殖废弃物综合利用，强化分散畜禽养殖粪污收集处理利用体系、种养结合一体化以及治理配套设施等工程建设。
2.加强水产养殖污染控制。调整渔业产业结构，继续推进百亩连片池塘循环水养殖工程，构建池塘生态养殖系统，强化水产养殖业污染管控，规范池塘循环水养殖，严格执行太湖流域池塘养殖水排放标准。严格控制太湖围网养殖面积在4.5万亩以内。
3.全面推进种植污染治理。调整种植业结构，全面推进连片生态循环农业示范区(农业面源污染防治示范区)建设工程，推广生态、循环、绿色农业发展模式，重点实施农业清洁生产、废弃物资源化利用等重点工程，将太湖一级保护区打造成生态循环农业基地。优化调整农业生产方式，调优化肥农药生产、销售、使用结构，确保太湖一级保护区化肥、化学农药施用总量较2015年削减20%以上。
4.推进农村环境综合整治。全面实施农村生活污水处理、垃圾收运、水系沟通、河网清淤、岸坡整治等工程。改革创新管理及运营机制，探索推动村庄生活污水处理设施第三方区域化规范运行管理模式，提高农村污水收集处理能力。建立农村面源监控体系。研究推进农业面源污染治理非工程措施，建立农村环境保护宣教制度，开展农村环境教育。
(五)生态保护与恢复。
1.加强生态湿地保护与恢复。建立流域湿地保护体系，严格保护流域内湿地类生态红线区域，严格控制非法围占自然湿地，遏制流域内湿地面积减少和湿地生态功能退化。加大流域生态基础设施建设，逐步完善河网、湖荡湿地，构建合理有效的生态廊道、生态斑块，系统性恢复河流、湖泊、山水园林之间的生态关系，加强湿地保护管理能力建设，推进流域湿地保护生态补偿机制实施。整体推进流域湿地建设，强化环太湖、重点湖泊湖滨、主要入湖河流的湿地保护与恢复工程。