2）嗜酸性异养菌包括耐酸性的红酵母菌、地霉属、丝状真菌等等大概有五六种。这些菌以污泥中溶解性小分子有机物为碳源，不能利用二氧化碳做碳源。
两类微生物复配原因：主要工作微生物为嗜酸性硫杆菌，为自养菌，自身是不分解有机物，不以有机物为碳源，以二氧化碳为碳源。特别是污泥中的小分子水溶性有机物，是对自养菌有毒的。污泥与矿石的区别，就是矿山有机物含量低，而污泥有机物含量高，如果长期运行就会使自养菌退化，不稳定。因此污泥中的有机物特别是水溶性的小分子有需要匹配一部分耐酸性异养菌，在酸性条件下，将污泥中小分子有机物作为碳源供自身代谢并分解成二氧化碳，消除对第一类微生物的毒性，放出的二氧化碳又供给第一类微生物做碳源，促进第一类微生物更好在污泥环境中生长和发挥作用。
由于两类微生物复配，因此需要匹配特殊的营养物质。除了氮磷钾钙镁之外还需要包括硫代硫酸盐、硫粉等能源物质，也需要添加少量特殊的有机物。
1、溶出重金属原理：
污泥中重金属以硫化物、碳酸盐形式和有机结合态等不溶性形态存在。在硫杆菌作用下，污泥pH会降低，难溶性的硫化物会氧化为可溶性的硫酸盐，难溶性重金属就会从污泥里溶解进入水相，进入水相的重金属，往往可加沉淀剂进行沉淀去除。但污泥中重金属严重超标时，可启动溶出重金属的这个反应。
2、促进污泥脱水原理：
常规的剩余活性污泥是菌胶团，都由异养菌组成，异养菌会分泌很多胞外聚合物（EPS），EPS的亲水性非常强，即EPS越多，污泥越难脱水。因此，剩余活性污泥直接脱水想要达到含水率80%以下是十分困难的，除非采用极端条件。
而生物沥浸技术中的自养菌特征是个体小，且分泌的EPS是异养菌的1/10，所以想方设法让自养菌在污泥脱水体系中占绝对优势，这样就能使自养菌替代原来的异养菌，成为优势菌。这样会使原来活性污泥中的菌胶团破碎，包裹在其中的毛细管水会释放出来，又由于低的EPS，会使得污泥很好脱水。因此，以自养菌为主的生物沥浸污泥不需要加任何絮凝剂，可脱水到60%以下。
我们也使用其他自养菌做过验证试验，例如，我们设法使硝化细菌这个自养菌在污泥中变成优势菌，污泥的脱水性能就明显变好。这说明微生物的替代效应（用自养菌替代污泥原有的异养菌）能够促进污泥脱水。
硫杆菌氧化还原性硫产生硫酸，降低pH，也会促进污泥脱水。这是由于污泥表面颗粒带负电荷，pH的降低恰恰提高了H+浓度，污泥颗粒表面负电荷被中和后污泥易于聚沉和絮凝，促进了污泥脱水。
此外，污泥生物沥浸过程中产生的次生矿物在一定程度上也促进了污泥脱水，但微生物的替代效应、pH降低应该起主导作用。
3、除臭原理
硫杆菌具有很强的氧化性，硫杆菌能够将硫化物、硫化氢、氨氧化，这些往往是导致污泥发臭的物质，由于硫杆菌的氧化作用，因此除臭效果好。因为生物沥浸创造的低pH和氧化环境，会使得病原菌不适应这一环境，因此有杀菌作用。
生物沥浸技术功效：1、创造的低pH环境可高效去除重金属；
2、能明显消除恶臭、除病菌；
3、不需要加任何化学絮凝剂，可直接一步脱水到含水率60%以下，实现深度脱水的目标；4、能够实现污泥减容；5、生物沥浸不会损害污泥有机质和NP等养分，由于污泥含有机质高，堆肥后的污泥可用于园林绿化，用作营养土。