关于总量制度的得失，环保系统有多篇论文进行了探讨。“十三五”期间，总量制度并没有被抛弃，探索区域、流域、行业的总量控制模式、实行以许可证为载体的企事业单位总量控制已是业内共识。而三司改革正是这种共识的一个体现。“历史发展到这个阶段，这样的改革是比较好的选择。”赵华林说。
钱不是问题，人少才是问题
谈及三司改革时，尽管美国环保局的机构设置被提到的最多，目前我国的三司机构设置和美国仍有很大区别。
首先是机构和法律的对应关系。美国环保局的机构设置由法律授权而来，比如大气与辐射办公室是主要为了执行清洁空气法案和原子能法案，水办公室主要为了执行清洁水法案和安全饮用水法案。
虽然三司设立后更有利于“气十条”“水十条”和“土十条”三大战役的落实，目前的三司机构设置跟法律的对应关系并没有那么清晰。
“中美的环境管理差距不在机构改革，而在依法治理环境。如果能够严格执法，环保部改不改问题还真不大。”加州大学圣地亚哥分校副教授张俊杰说，“在当前的法治环境下，也只能进行政府机构打补丁的改革方式，改进政府效能，弥补法治的缺失。”
另一个区别则是人的数目。除了国家级环保局的环境要素管理部门，美国在波士顿、旧金山等地设置了10个区域办公室，划片管理各州的环境问题。比如管理加州的第9区办公室，其中也设置了水、气、土等职能部门。
相较于美国上千人的规模，环保部新三司目前的人员数目并未增加多少。在地方上，虽然多地早设立了大气处，但人员数目乃至专业素养还远远不够。“很多大气办只是解决了领导重视的问题。并没有解决人员紧缺的问题。”解洪兴说，“领导重视，大气处处长要汇报的次数多了，真正干活的人依然不多。”
例如在落实“气十条”的行动措施时，让各地负责大气污染的处长处处长心里没底的是，做了这么多工作，PM2.5到底能降多少?结论可以通过源清单、模型模拟等预测得出，但计算过程相当专业，大气处很难办到，只能委托高校和环科院、环规院等专业的技术团队来做。
“目前看，相比”钱不够”不是问题，人少才是更严峻的问题。专业人才不足，问题研究不清楚，不知道如何做才能有效果，如何才能成本效益最大化就不敢花钱。应该把更多的资金放在‘软件’建设上，帮助省市形成专业团队，把落实方案做好让更多的专业人把钱花出去，做方案。”解洪兴说。在无法扩充政府的专业人员的前提下，这些工作可以放开给更多的环境服务公司来做。
设立三司只是捋顺职能的第一步。如陈吉宁答记者问时所言，这项工作涉及面非常广，不仅仅是两个司变三个司的问题，还涉及一些流程的重构、与其他改革的衔接，比如环评制度改革的衔接。
据南方周末记者了解，三司的职能也将包含更多的内容，例如原属于科技标准司的行业标准制定也将按要素划归给三司。