而据了解，北京市纳入企业的核查工作已经由北京发改委出资，统一分配到各家备案机构。根据北京市发改委公告，目前已有19家核查机构经过备案。
在此前的初始盘查中，天津、上海两个试点也由地方发改委发布了招标公告；北京市发改委通过通知的方式公布了核查安排。
在采访中，有试点纳入企业对21世纪经济报道记者表示，担心发改委指定核查机构的公平性，希望有自主选择的权利。但同时，自主选择也意味着很可能将有企业自身承担核查费用。
广东省就将这一点明确列出。根据《广东省碳排放管理试行办法》，控排企业和单位应当委托核查机构核查碳排放信息报告，配合核查机构活动，并承担核查费用。
根据此前试点核查经验，每家企业所需核查费用在2万-8万元之间。上海市此次核查招标，预算限额共400万元，均价2.09万元一家。而此前北京市组织的初始核查，均价为10万元一家。
但对于企业担心的公平性问题，各试点均在制度层面做出了较为严格的规定，并对第三方核查机构的不合格规定了处罚措施。
一家上海纳入企业表示，当地发改委曾向他们承诺，不会出现舞弊、作弊的情况。“我们也是比较相信的，我们企业内部自己也在核查。相差数额比较大的话，也有上诉的流程。”
而在北京最新发布的报告报送通知中，也出现了“配额调整”一项，符合配额调整条件的纳入企业，可以在4月5日前，向北京发改委提交2013年配额调整申请，由发改委于4月30日完成相关调整。