(二)基本原则。
——科学规划，综合治理。按照节约优先、保护优先、自然恢复为主的方针，全面统筹流域内经济发展、城乡建设、土地利用、资源开发等因素，更加注重饮用水安全保障、重污染行业专项整治、城乡生活污水处理、农业面源治理、区域综合整治等工作。
——突出重点，统筹兼顾。将“一环两区”和省界重点断面作为治太重点区域，围绕考核断面水质达标、氮磷削减进行集中整治和重点攻关。协调地区、行业间的污染治理，与此同时，坚持水域和陆域污染协调治理，点、线、面共同推进。
——目标管理，强化考核。合理确定水环境综合治理水质目标和污染物排放总量控制目标，对COD、氨氮、总磷、总氮等关键性指标按分期、分级、分类确定控制目标。突出流域地方政府总负责制，逐级分解落实治理任务。健全法律规章，完善考核体系，强化监督管理，落实责任追究。
——远近结合，标本兼治。把解决当前突出问题与构建太湖流域水环境治理保护长效机制有机结合起来。坚持工程措施和管理措施并举，经济社会发展、水资源保护和生态建设全面统筹。
——完善体制，创新机制。率先探索系统完整的生态文明制度体系，建立产权明晰、责任落实、运行有效的管理体制，全面挥政府、市场的积极性，最大限度地动员社会公众参与。积极创新投融资、排污权交易、生态补偿、自然资源有偿使用制度等机制，健全法律法规、标准规范和执法体系，形成促进流域水环境质量不断改善的长效机制。
(三)治理目标。
太湖流域污染物控制指标为COD、氨氮、总磷和总氮，水体水质控制指标为高锰酸盐指数、氨氮、总磷和总氮。对于控制太湖富营养化，总磷和总氮是主要控制指标，其中总磷是关键控制指标。水质目标和总量目标是三级考核的重要依据和对象。
总体目标：确保饮用水安全，确保不发生大面积湖泛;流域各项水质和总量控制指标达到国家考核要求，太湖流域水质持续改善，生态持续恢复。
1.饮用水安全。到2020年，持续保持目前饮用水水源地二级保护区水质稳定达到《地表水环境质量标准》(GB3838-2002)基本项目限值的Ⅲ类标准和补充项目、特定项目的要求;一级保护区水质达到《地表水环境质量标准》基本项目限值的Ⅱ类标准和补充项目、特定项目要求的比例逐年提高。
2.水环境质量。
(1)到2020年，太湖湖体整体高锰酸盐指数和氨氮稳定保持在II类，总磷达到III类(浓度较2015年下降15.3%)，总氮稳定达到V类。
(2)到2020年，太湖流域重点考核断面以及河网水功能区水质达标率分别达到80%。流域5个设区市地表水丧失使用功能(劣于V类)的水体、建成区黑臭水体基本消除。太湖入湖河流污染负荷得到有效控制，环太湖主要入湖河流水质年均控制浓度值详见附件1。