第五条 专项资金主要采取因素法分配，对党中央、国务院批准的重点建设任务以及部分通过项目法分配的支出采取定额补助，具体如下：
(一)用于中小河流治理及重点县综合整治、水资源节约和保护的支出部分，采取因素法分配。其中，建设任务的权重占50%，以水利部、财政部确定的规划建设任务为依据;绩效因素的权重占50%，以财政部、水利部绩效评价结果或项目建设进展情况等为依据。
(二)用于小型水库建设的支出部分，按照全国抗旱规划及有关实施方案确定的建设任务，定额安排补助资金。
(三)用于江河湖库水系连通的支出部分，按照突出重点、合理布局、目标管理、注重绩效的原则，采用项目法分配。
第六条 采用项目法分配的资金，由水利部会同财政部发布申报通知，明确项目申报主体、申报范围和申报条件。各省(自治区、直辖市、计划单列市，以下统称省)水利、财政部门联合向水利部、财政部报送项目申请文件，并抄送财政部驻当地财政监察专员办事处(以下简称专员办)。专员办审核驻地省级水利、财政部门报送的申报材料，提出审核意见和建议报送财政部。水利部综合考虑专员办意见，通过专家评审、集体决策、向社会公示等程序，择优确定项目，并参照相关项目补助标准提出资金分配方案报财政部。
第七条 财政部会同水利部对专项资金使用情况开展绩效评价，评价结果作为专项资金分配的重要因素。
第八条 专项资金预算由财政部商水利部按法定程序下达。财政部应当在上年10月31日前将专项资金预计数提前下达省级财政部门，并于当年在全国人大批准中央预算后90日内下达完毕。
安排新疆生产建设兵团和水利部直属单位的专项资金，分别纳入新疆生产建设兵团、水利部预算，按照有关规定执行。
第九条 结转结余的资金，按照《中华人民共和国预算法》和其他有关结转结余资金管理的相关规定处理。
第十条 纳入国家相关规划的项目，地方采用先建后补方式开展项目建设的，可按照财预[2015]230号文件第三十七条的有关规定进行资金归垫。
第十一条 专项资金支付按照国库集中支付制度有关规定执行。属于政府采购管理范围的，按照政府采购有关法律法规规定执行。属于政府和社会资本合作项目的，按照国家有关规定执行。
第十二条 财政部、水利部对专项资金使用情况进行不定期检查，并将检查结果作为绩效评价的重要参考。
专员办按照工作职责和财政部要求，开展专项资金有关预算监管工作，重点核查专项资金的分解和落实、按项目法分配资金的申报资料等，并按照相关要求及时报送审核意见和建议。
地方各级财政、水利部门应当加强对专项资金使用管理情况的监督检查。专项资金使用单位，应当自觉接受审计部门、财政部门、行业主管部门等的监督检查。
第十三条 任何单位或个人不得骗取、截留、挪用专项资金。对专项资金使用管理中存在财政违法行为的单位及个人，按照《中华人民共和国预算法》和《财政违法行为处罚处分条例》追究法律责任。
第十四条 本办法由财政部会同水利部负责解释。各省财政、水利部门可结合实际，制定实施细则。
第十五条 本办法自2016年4月8日起施行。《全国中小河流治理项目和资金管理办法》(财建〔2011〕156号)、《中小河流治理重点县综合整治项目和资金管理暂行办法》(财建〔2012〕671号)中有关资金分配、使用、管理和监督的内容同时废止。