财政部是四部委中第一个公开调查细节的部委，作为掌管“钱袋子”的中央部委，其清查深度和广度也在不断升级，财政部的清查不仅针对中央财政补助资金，对省、市、县三级提供的新能源补助资金也一并检查，发现问题一并处理，一并追究责任。检查工作自2016年2月1日正式启动，至3月下旬结束。记者获悉，目前相应的调查结果也尚未公布。
骗补清查的高潮在今年2月24日到来，国务院总理李克强在当日主持召开的国务院常务会议上，首次明确要求打击“骗补”行为。3月11日，工信部官网发布了《工业和信息化部关于进一步加强汽车生产企业及产品准入管理有关事项的通知》，通知表示，工业和信息化部将建立汽车生产企业信用数据库和违法违规企业黑名单库，违法违规失信等汽车生产企业将会被工信部列入黑名单。
3月21日，工信部部长苗圩在某论坛上表示，已发现一些企业存在新能源车骗补行为，下一步政府将对这些企业严肃处理，而对已经下发的补贴，如果存在骗补行为，要“扣回来”。而据企业人士透露，调查中已经发现了部分企业在局部地区出现的新能源汽车骗补问题，虽然不是大面积事件，但已经令财政部相关部门负责人感到“震怒”。
釜底抽薪式大招
受到骗补清查的影响，尽管2016年已过去4个月，但新一轮新能源汽车地方补贴及相关促进政策仍迟迟未见落地，目前只有约20个省市出台具体政策，其余地区仍在观望中。而受此影响，新能源汽车在多个城市的终端销售都陷入停滞状态，产业链相关的充电桩建设、电池供应也受到牵连。
“除了北京，外地城市处于政策空档期，北京以外的市场也处于半停滞状态。”国内一家新能源汽车销售公司负责人此前对记者表示。不过，随着骗补清查的结束，各地地方政策也将陆续出台，新能源汽车发展将重回快速增长车道。
更值得关注的是，在骗补调查进行的同时，相关部门有意识的政策调整也已经展开。除了上文提到的建立黑名单制度、提高入门门槛外，在补贴方式上也在逐步探讨新的模式。
今年1月底，楼继伟表示，财政部未来要进一步完善财政政策和创新体制机制，以提升新能源汽车产业水平。“第一要调整补贴政策，建立遴选机制和淘汰机制;第二是建立市场化的扶植机制，这也是中长期扶持政策调整的方向，这方面美国加州的零排放政策以及积分交易制度可以借鉴。”楼继伟表示。
而在调整补贴制度，建立遴选机制和淘汰机制方面，财政部将在未来提高补贴门槛，突出对优势企业的支持。一方面大幅度提高整车安全性、可靠性、一致性的标准，以及关键零部件的技术标准，突出鼓励先进、扶优扶强的政策导向，使资金向优势企业倾斜，防止产业过剩和盲目无序发展，达不到标准的企业不能获得补贴。
另一方面要严格执行补贴退坡制度，倒逼企业加快向市场求发展。根据财政部去年初发布的补贴政策，2017年—2018年新能源汽车补贴标准将在2016年的基础上下调20%，2019年—2020年下降40%，2020年以后补贴政策彻底退出。“补贴政策提前发布、明确，以便企业形成科学合理预期。当前要加强资金监管，坚决打击各类骗补和寻租。”楼继伟表示。
另外，财政补贴退出之后，国家将建立新能源汽车积分制度。财政部高层透露说，过去几年中，财政部一直在努力推进建立新能源汽车积分交易机制，经过多次反复论证和研究，已有成形的思路。同时，中央财政明确将采取“以奖代补”方式，根据动力电池性能、销量等指标对企业给予奖励，加大对动力电池数字化制造成套装备的支持。这是新能源领域的政府补贴首次向零部件环节转移，也是补贴方式改变的重要事件。