2015年起，北京市禁止污泥外运，但是大部分污水处理厂没有污泥处理配套设施，已经建成的项目又不能有效发挥作用，污泥只能被堆放在污水处理厂内。
第三，污水排放标准低。碧水源集团董事长文剑平说，目前我国实施的《城镇污水处理厂污染物排放标准》中，最高的一级A排放标准仅相当于地表水的劣五类，国内相当部分的污水处理厂排放标准还达不到一级A，因此即便各地都实施雨污分流，生活污水全处理的理想状态，也难以达到改善和修复城市水体的目的。
完善检测惩处健全配套管网
不少受访专家建议，应从提升排放标准、完善监测惩处、健全治污设施和配套管网以及探索市场化的融资和污水处理收费模式等方面入手，完善污水处理。
一，逐步提高排放标准，推进技术升级改造。文剑平、清华大学环境学院教授王凯军等人认为，基于城市水资源保护的紧迫任务，应逐步提高国家污水处理排放标准，逐步将污水处理排放标准与地表水水质等级接轨。
二，完善检测监督和惩处机制。2015年环保部通报，北京市通州区漷县污水处理厂监测数据造假，超标排放污染物。企业在线监测设备未从出水口取样，而取自于外置的两个盛水塑料桶，在线监测数据、上传数据与手工取样监测数据存在明显差异。傅涛等业内人士建议，应建立污水处理厂进入超标异常情况的水务、环保、城管等部门联合检测监督机制，一旦进水异常即可迅速找出污染源头并从严惩处，要积极搜集证据，对违法行为移交司法处理，还建议将水务运营企业列入“黑名单”，不准其继续从事污水处理行业。
三，建立健全治污设施和配套管网，保证污水处理厂建得起、转得开。治污最后一道关口的污水处理厂，屡屡成为偷排、直排的污染源。其主要原因是，配套管网严重滞后，污水得不到有效收集、处理。因此政府应做好治污配套管网的规划建设。
最后，探索市场化的融资和污水处理收费模式。完善市场化投融资模式和污水处理收费标准的价格形成机制，为城市水务工程建设扩能提供资金保障。同时在污水处理厂用电收费、补贴标准等方面出台激励政策，激活污水处理厂技术改造升级的积极性。