(一)天然气价格和上网电价间存在矛盾
天然气的价格对于燃气发电成本有决定性的影响，燃气发电成本由三部分组成，即设备的折旧成本、机组的运行维护成本以及燃料成本，其中，燃料成本的比例达到70～80%，所以降低燃气发电成本的关键是降低天然气价格。目前我国大部分天然气发电企业实行的是临时上网电价，各电厂的上网电价实行“一事一议”、“一厂一价”的方式，没有明确的定价方法，调整机制和热电联供形式下热、电之间的分摊方法，气电灵活调峰、清洁环保、利用高效等优势没有得到充分体现。由于天然气发电上网电价较高，燃气机组出现备用时间长、利用小时数偏低等问题，燃气发电企业普遍经营困难，不利于我国天然气发电行业的健康、可持续发展。虽然浙江等省市对燃气发电企业实施了两部制电价，一定程度上缓解了天然气发电企业的生存压力，但仍未起到发展低碳能源的导向作用。
交叉补贴造成的价格机制扭曲现象广泛存在于气、电、水等资源性产品价格中。居民用气价格与工业用气、热力用气价格之间存在交叉补贴现象。从世界各主要消费国工业用户与居民用户天然气零售价格比较看，除中国外，其他国家的工业用户气价均低于居民用户气价，比如，工业用户气价与居民用户气价相比，欧盟和OECD(经济合作与发展组织)国家平均约是1∶2，美国、荷兰约是1∶2.5，加拿大约是1∶4。气价反映了不同用户真实的成本构成，用气量越多，气价应越低。实际调研数据显示，目前我国居民生活用气价格普遍比各省门站价低，这部分燃气成本通过行政手段转嫁给了工业、热力等用户，而热力用户在集中采暖季节(每年的11月至次年的3月)由国家对其进行财政补贴。不同消费部门之间的交叉补贴，严重扭曲了天然气市场价格。因而天然气价格及其有关电价、热价、冷价等方面已经成为我国发展清洁能源、天然气热电联产亟需解决的问题。
(二)天然气发电年利用小时数低
2009--2013年我国天然气发电平均利用小时数分别为2353小时、2938小时、3210小时、2938小时和2653小时，比同期煤电平均利用小时分别低2513小时、2093小时、2095小时、2044小时和2359小时。在西气东输二线工程投产以前，全国天然气发电利用小时低主要是因为发电用天然气供给不足，特别是在用气高峰时段，燃气电厂用气优先等级较低，不得不执行天然气调峰任务。受调峰调频需要和天然气供应影响，我国燃气发电机组启停次数较多、年利用小时数较低，且地区差异较大(图6-3)。近几年天然气发电利用小时低的原因一方面是受到用电增长放缓的影响，另一方面是天然气价格上涨后，燃机电厂面临着发电即亏本的尴尬局面，因此，江苏、浙江等地区相继出台了燃机电量替代政策，将部分燃机电量转移给煤机代发。
图6-3 天然气发电利用小时情况
资料来源：国家能源局.燃气发电安全监管报告. 2014年
燃气机组在天然气和电网双重调峰压力下，负荷率低，使得其热效率有所下降。同时发电量的减少也直接影响着燃气发电的经济效益，而且机组频繁启动和停机会明显缩短设备使用寿命，相应增加维修成本，降低机组运行可用率，从而进一步影响电厂经济性。