之前的环保部污染防治司主要负责环境污染防治的监督管理和环境形势分析研究。水体、大气、城区土地、噪声、光、恶臭、固体废物、化学品、机动车的污染等样样管，还涉及海洋污染防治，被认为“既不专也不精”。
而污染物排放总量控制司主要承担落实国家减排目标的责任。除了负责拟订主要污染物排放总量控制、排污许可证和环境统计政策、行政法规、部门规章、制度和规范，并监督实施，还要组织测算并确定重点区域、流域、海域的环境容量。但陈吉宁表示：“总量控制的办法，涵盖的污染物种类、污染源范围以及削减的力度均不足以支撑环境质量的全面改善。”
根据环保部今年确定的思路，未来环境管理在质量与总量的把握上，应体现这样的原则：质量改善是刚性要求的红线，绝对不能触碰;总量减排是硬性要求的底线，是最基本的要求。总量减排考核必须服从质量改善考核。质量改善和总量减排任务均未完成，将严格依法问责;质量改善了而总量未完成，将尊重地方的协同减排，从国家总量指标进行调剂，严格执行考核办法。
不少学者分析称，中国的环境政策正在由污染控制型政策逐步转向以环境质量改善和环境风险防控为目标。
自2013年以来，政府相继发布“气十条”、“水十条”。“土十条”(土壤污染防治行动计划)也将于今年颁布。这些国家行动计划，正是顺应了从总量控制到质量控制的趋势和表现。此次环保部机构编制调整亦不例外。
环保监测执法将实行垂直管理
环保部“水气土”三个环境管理司成立后，“各司其职”的格局将形成。随着土壤污染防治行动计划今年落地，三个司履职也都有了自己的“利剑”。
按照这一思路，环保部新的内设机构还会出现，比如“垂管办”。本报记者获悉，这一机构也是根据中央部署而设立的协调全国环境监测监察执法的垂直管理部门。十八届五中全会明确提出，“实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理”。
目前，环保执法难最大的障碍在于行政管理体制。根据现行相关法律法规，地方环保部门接受上级环保部门和当地政府的双重领导。尽管地方环保部门在业务上听命于上级环保部门，但在预算和人事上受当地政府的控制。
环保部行政体制与人事司副司长任勇表示，实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理是环保管理体制的重大创新。垂直管理改革也是一件非常复杂的事，牵一发而动全身，不只是机构隶属关系的调整，也将涉及地方政府层级间事权、政府相关工作部门间职能、环保系统内部职责运行关系等的调整，还需要对环境治理基础制度进行改革完善。
根据环保部制定的时间表，今年要做好省以下环保机构监测监察执法垂直管理过渡期工作，下发相关通知，研究制定试点方案并开展试点，对试点省份在能力建设等方面给予支持，争取2~3年左右完成改革任务。
而对于“水气土”三个环境管理司和其他机构何时才能到位并发挥作用的问题，环保部有关负责人3日表示，“由于机构调整涉及面广，内部职能、运行机制的建立和人员配备完全到位尚需要一个过程”。待整个工作完成后，将对外发布。