同时，神华对煤矿矿井水进行了有效保护与高效利用。神华集团“煤炭开采水资源保护与利用”国家重点实验室是煤炭行业仅有的8个国家级重点实验室之一。
依靠科技创新，神华还实现了煤炭与瓦斯、地热等多种资源协调开发利用。
2.基于超低排放的燃煤发电。燃煤发电目前占全国电力装机的60.7%，占发电量的70%以上。未来较长一段时间内，燃煤发电仍将是我国的主要电力来源，预计2030年装机量在1100GW~1300GW之间。
燃煤发电污染控制在各工业行业中处于领先水平，在燃煤发电的排放标准上，我国的标准其实比美国还高，但由于其绝对量较大，特别是重点地区分布密度大，污染物排放强度还比较高。不过，现在燃煤发电大气污染物排放已经可以达到或低于燃气机组排放标准。
燃煤发电超低排放的经济和社会效益都很显著。燃煤发电机组实现超低排放所增加的成本不到0.02元/千瓦时。目前燃煤发电0.3~0.4元/千瓦时左右的上网电价，远低于天然气发电0.8元/千瓦时左右的上网电价。也就是说，用煤发电达到同样的排放甚至更低，成本是天然气的一半。
神华目前已经有29台燃煤机组完成了超低排放改造，占全国的40%以上。如果全国燃煤发电机组全面应用超低排放技术，煤电主要污染物排放较2013年可降低约90%。
燃煤发电的二氧化碳减排也非常重要。如果全球燃煤电厂效率从目前的35%提高到现在最为先进的45%左右，全球燃煤发电可减排二氧化碳40亿吨。未来如逐步用先进的超超临界机组替代老旧机组，中国在装机总量持续增加情况下，燃煤发电的二氧化碳排放总量仍可保持基本稳定。