这种做法的好处是，业者自行负责各式各样的回收方式，政府订出回收率只管监督是否达标，角色分明，政府行政成本也最低。但也因此形成两大结构性的致命问题：一是单项业者自行建构回收产业链条，把台湾社会很多本有的拾荒体系排除在外，形成封闭型回收体系与垄断等问题;二是其回收体系封闭，导致回收率造假、注水等问题严重，政府查处不易。
台湾“环保署”资源回收基金管理委员会新闻官曹宁芝介绍资源回收基金的发展演化过程。
台湾绿色公民行动联盟理事长赖伟杰表示，资源回收基金也存在弊端。
回收基金纳入政府体系
“上述弊端受到民间环保团体的质疑，也受到传统拾荒回收业者的强烈抗议，‘立法院’也有过半数的委员连署要求资源回收管理基金纳入当局预算，还有陆陆续续爆发出来的弊案，都迫使政府开始往‘交处理费给政府’的方向靠拢。”曹芝宁认为，上述情形可以视为回收基金形成过程中的“试错”阶段。
1997年1月1日起，台湾“环保署”结合社区民众、地方清洁队、回收商及回收基金全面实施“资源回收四合一计划”，全面实施资源回收、垃圾减量的工作，并以回馈的方式鼓励全民参与，建立开放的回收清除处理市场，以达到资源可持续利用之目标。
同年3月28日，根据新形势需要，台湾对“废弃物清理法”进行了修订，明确制造业者和进口商必须缴纳“回收清除处理费”，成立资源回收基金。同年7月，“环保署”先后成立一般废物及容器、废机动车辆、废轮胎、废润滑油、废铅蓄电池、农药废容器、废电子电器物品及废资讯物品资源回收管理基金等8个基金管理委员会(以下简称基管会)，辅导并执行各项公告应回收物品及容器之回收清除处理。
1998年7月，台湾当局在社会各界的强烈要求下，将“资源回收管理基金”纳入整个政府预算，接受“立法会”直接监督，并由“环保署”成立资源回收管理基金管理委员会(简称基管会)，又称“大基金会”。基管会主任委员为“环保署长”，委员则由政府机关代表、工商团体代表、学者专家、社会公正人士及民间团体组成。执行秘书及副执行秘书均由“环保署”现职人员担任。资源回收自从业者缴交基金，其中80%为“信托基金”，20%为“非营业基金”。