三峡蓄水新形势
应在蓄水时段扩大水源地保护区范围。
隐患更大的是工业企业偷排污水甚至危险废弃物。
在长江干流重庆航发佛耳岩港口发现，该港口附近存在不少生产作坊，长江沿岸堆积大量深绿色粉末状固体，并随雨水流入江中，形成多条绿色长龙。
从深绿色粉末状物体的包装袋“miscellaneous dangerous good”可以得知，这些固体均为危险废弃物，如遇长江涨水，不明危险废弃物将整体浸泡于长江水中。
事实上，长江及嘉陵江两岸存在难以计数的工业企业，单凭环保局监管，难免力不从心，企业偷排现象在两江地区常有发生。
2013年，上市公司攀渝钛业向长江排入大量铁超标废液，致使附近江面呈现暗红色；2011年，重庆民丰化工含有六价铬的渗滤液排入嘉陵江，重庆市地质矿产测试中心的检测结果为铬超标55倍；2010年8月，重庆市环境监测中心确认，重庆农化集团私自填埋数百吨六六六农药，超标19倍的废液渗漏至嘉陵江……
而城市面源污染也尚未得到足够重视。
重庆大学资环学院教授袁兴中认为，重庆市水源的主要污染来自城市。“城市面源污染比农业面源污染严重得多，但在国内一直未得到足够重视。”袁兴中指出：“尤其在雨季，未经处理的污水直接流入长江和嘉陵江，中间没有湿地的隔离与保护。”
更为严重的是，环保制度和措施往往滞后于现实发展。
自三峡水库蓄水以来，长江及嘉陵江早已不是严格意义上的河流。三峡工程175米蓄水后，两江水流速度急剧下降，笔者看到，5月底的嘉陵江水面几乎静止，实则为一个狭长型的大水库。
然而，水源地保护却仍然沿用河流型的制度和措施，如按照河流型水源地保护区范围的规定：取水口上游1000米，下游100米为水源地保护区。
但根据西南大学“重庆市城镇饮用水水源地安全调查与评价”分析，“三峡蓄水后，水流速度迅速下降，水流紊动能力减弱，从而导致排污口附近混合区可能会从狭长型向宽短型发展，且受回水影响，污染混合区在建库后向上游扩展。”
“在三峡蓄水后，下游100米内为水源地保护区的老规定已经不再适合现实，”两江环保中心负责人向春认为，“应在蓄水时段参照水库水源地规定，扩大水源地保护区范围。”
水质监测亟待完善
分散式和农村饮用水源地管理存在不足。
2014年3月11日，重庆市环保局透过文章得知，重庆市环保局水质监测数据与长江水资源管理局存在巨大差异：长江水资源管理局对乌江重庆段水质监测数据为劣Ⅴ类，而重庆市环保局的结果却长期为Ⅰ类。
为此，重庆市环保局于4月21日正式书面说明原因：按《国家地表水自动监测站运行管理办法》规定，自动监测评价指标选取PH值、溶解氧、高锰酸盐指数、氨氮4项，并未包括总磷，从而出现了数据差异。
这一数据打架事件暴露了各地环保局在指标选取上的过于随意。
根据《国家地表水自动监测站运行管理办法》，地表水水质自动监测全年连续监测，每4小时监测一次，监测指标为水温、PH值、电导率、浑浊度、溶解氧、高锰酸盐指数、氨氮、总磷和总氮共9项，但重庆市环保局只监测了其中4项。
目前，重庆市环保局已承诺改进水环境自动监测信息公开的内容和方式，并争取国家层面从技术规范和制度设计上进行完善。
事实上，重庆市环保局按照国家相关规定，同时采用实验室（手工）监测和自动监测，每月监测一次。评价指标为《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）明确的除水温、总氮、粪大肠菌群以外的21项指标，采用单因子法，即根据评价时段内该断面参评指标浓度最高的一项确定。根据《国家地表水自动监测站运行管理办法》，地表水水质自动监测为全年连续监测，每4小时监测一次。监测结果以月报、年度环境质量简报、环境状况公报形式发布。
对比德国的水质监测频率，中国存在较大差距。德国联邦卫生部规定，在人口稠密的大城市，水质监测频率为每小时一次。
但重庆市环保局的监测能力和覆盖范围有待提高。
重庆市环保局负责人透露：“目前除重庆主城区、涪陵、万州等地区外，其他区县还不具备监测109项水质指标的能力，且自动化监测水平低。
该负责人进一步指出，重庆市城镇集中式饮用水源管理基本能实现管理全覆盖，但分散式和农村饮用水源地管理还存在不足，没有实行全覆盖监管。