未交报告将受罚
对部分试点的企业来说，未能按时提交报告将导致直接的经济损失。
在深圳市发改委关于提交排放报告的通知中，提到“逾期未提交的，将按照《深圳经济特区碳排放管理若干规定》等相关法律法规和政府规章进行处罚”。
根据《深圳市碳排放权交易管理暂行办法（征求意见稿）》，控排单位未在规定时间内向主管部门提交第三方核查机构的核查报告的且警告未改正，处一万元以上五万元以下罚款；情节严重的，处五万元以上十万元以下罚款。
上海也有类似的规定。根据《上海市碳排放管理试行办法》，虚报、瞒报或者拒绝履行报告义务的企业未改正将面临1万元以上3万元以下的罚款。无理抗拒、阻碍第三方机构开展核查工作而未改正的，将处以 3 万元以上 5 万元以下的罚款。
广东省规定相同，《广东省碳排放管理试行办法》规定虚报、瞒报或者拒绝履行碳排放报告义务的，处1万元以上3万元以下罚款；阻碍核查机构现场核查，拒绝按规定提交相关证据的，处1万元以上3万元以下罚款；情节严重的，处5万元罚款。
而北京和天津目前没有公布相应行政处罚措施。
然而，在各试点过往的盘查核查经验中，核查方与企业的沟通并不完全顺利。有的核查机构直接吃了闭门羹，有的企业负责人长期避而不见，也有的企业内部踢皮球，无法找到对接人。
在北京市发改委3月7日《关于参加2014年控制碳排放相关工作培训及按时报送碳排放报告的通知》中就提到，有部分纳入单位无法取得联系，并提醒他们提交报告。公布的单位名单中，包括中央电视台、外交部、北京市公安局西城分局等。
而前述做好排放报告的通知中则提到，“2013年应开展碳排放报告报送和核查工作但未开展的重点排放单位，在今年的碳排放报告报送时，应同步报送2009－2012年相关数据。在核查时，由核查机构分别核查2009－2012年、2013年碳排放情况。”表明在纳入单位中至今仍有未完成历史核查的单位存在。
核查市场化仍待观察
目前，各试点的数据核查工作主要还是由地方发改委主导，以地方发改委统一组织、分配、支付的方式进行。
3月5日，上海市发改委就纳入企业2013年排放报告核查进行国内公开竞争性谈判采购，将191家纳入企业划分为钢铁、电力、化工等9个包件供10家备案机构竞争。