三、资源保障问题
我国应当走以废弃物和纤维素为原料的生物质能源发展之路，但目前技术尚未成熟。
我国人多地少、粮食自给率低的现实国情注定了我国不能用粮食制作燃料乙醇，生物质能“与粮争地”的矛盾在我国尤其突出，这一实际情况决定了我国应当走以废弃物和纤维素为原料的生物质能源发展之路，但目前技术尚未成熟。对于一个人口大国而言，粮食安全必须优先得到保障，尤其是在近年来耕地面积逐步下降与自然灾害频发的背景下，玉米制备乙醇的纷争，很大程度上可以归结为养人还是喂车，而答案不言自明。尽管有着广阔丰富的农林基础条件，但农业生产水平不平衡与效率低下，让原料的质量与收集难以保证，随着收集半径增大，运输成本越来越高。秸秆、皮壳用作柴火或直接焚烧的粗放形态随处可见。而各地日益严重的水土流失及导致的塌方、泥石流等地质灾害，也在提示着林业生物质能的局限。受干旱、洪涝等自然灾害的影响，资源也不稳定。
此外，我国已经开展的新能源资源评价工作和已获得的新能源资源评价数据，仍不能满足高效、规模化开发利用新能源的需要。太阳能和风能资源的评价结果，只是根据现有气象站点的观测结果得出的大致资源总量和分布数据，在全面性、可信性、可用性等方面均有较大的局限性，对制定相关发展战略规划和实施有关开发利用项目的支持有限。在生物质能资源评价方面，目前对现有农林和工业废弃物的资源量估算有一定的基础，但仍停留在“纸上谈兵”阶段，可利用土地、优良能源植物品系、可用水资源条件、生物多样性影响等方面也没有系统全面的研究，并缺乏实际数据的验证。地热能、海洋能资源数据也大多是粗略估算的结果。
四、政策滞后问题
我国没有真正建立“市场配置资源，供需形成价格”的现代电力市场体制，电价形成机制还不完善，极大地制约了我国新能源的分散式开发。
目前，新能源发展中还存在许多政策障碍，阻碍了其效率的提高和市场的扩张。如在新能源的技术标准方面，国外十分重视新能源标准制定，欧洲各国都对新能源并网提出了严格的技术要求，并通过立法建立了严格的新能源并网检测制度，确保并网新能源满足技术标准要求。纵览海外风电市场的成长轨迹，许多国家都是事先明确了风电优先上网、政府补贴电价、可再生能源配额方式等产业规划，此后再着手风电技术的孵化工作。在这些要素得到夯实的基础上，发达国家才敞开产业发展的大门，放手新能源电力规模化发展。显然，我国风电行业正是因为忽略了对入门要素的培育工作，才导致如今进退维谷的两难境地。我国新能源并网政策和技术标准与新能源发展缺乏有效衔接，包括风电场接入、并网检测、调度运行三方面的风电并网技术标准，目前仅有部分国家和行业标准正在开展工作，并网标准滞后，标准体系尚不完善。风电的发展缺失风机制造、质量保证体系标准，缺失安装运营、维护管理以及与国情相适应的实时检测和故障诊断的技术标准。
目前新能源“并网难”的根本原因在于集中式开发模式，但世界各国通行的新能源分散开发在我国还面临着一系列体制机制障碍，尤其是我国还没有真正建立“市场配置资源，供需形成价格”的现代电力市场体制，电价形成机制还不完善，极大地制约了我国新能源的分散式开发。按照“厂网分开”的电力改革基本思路，经营输电网的企业属于自然垄断企业，其任务是为所有发电商和用电户提供公共服务，不以多盈利为经营目标。然而，现实情况却是，电网企业的收入仍然是全部来自发电环节与终端销售环节之间的“价差”。新能源“自发自用”一度电，则直接导致电网企业减少一度电的价差收入。在电网企业应得收入总量及其保障机制尚未落实的情况下，电网企业不愿接受千家万户自建的分布式新能源发的电，不同意实行这种全世界都已经普及的“自发自用”模式。
五、非常规能源的冲击问题
在未来几十年甚至几百年，非常规能源足够弥补常规能源的供应缺口。
非常规能源通常是指不能用常规技术生产、运输和提炼的化石类油气资源，如页岩气、油砂、致密砂岩油和重油等等。这类油气资源比常规石油和天然气的储层要深，勘探和开采难度大。然而，非常规能源在地球上储量巨大，美国、南美（巴西、巴拉圭和阿根廷）、非洲南部和北部、北欧和中亚等地区，都蕴藏着储量巨大的页岩气，加拿大则蕴藏着储量巨大的油砂。在未来几十年甚至几百年，非常规能源足够弥补常规能源的供应缺口。而且，非常规能源由于在化学结构上与常规能源有较大区别，还对减排和环保十分有益。相比新能源在一些关键技术上难以取得突破，非常规能源由于在勘探和开采技术上已经取得了突破性进展，一些国家已经开始大规模开发。如美国近年来开始大规模使用页岩气，促使民用天然气价格逐年下降。美国还计划到2035年，用非常规能源替代目前50％的石油供应量。由于技术领先、储量巨大，非常规能源生产不仅可以满足国内需求，而且有能力出口，美国在非常规能源开发利用方面已经尝到甜头。