彼时，中国光伏行业的问题是“三头在外”——原料在外、市场在外、设备在外，光伏的国内市场“约等于零”。受国际金融危机影响，出口形势已急转直下。鉴衡中心主任秦海岩称，2009年所面临的问题是“必须启动国内光伏市场”。
但金太阳工程的实施过程中，行贿、骗补、工程延期、质量低劣等社会传闻不断，使得这个政策面临被决策者否定的尴尬。
记者获悉，国家审计署已将金太阳工程列入重点审计范围，清查财政补贴资金是否有违规问题。
在更高决策层的关注和审计署高压下，财政部决定，将所有金太阳工程的财政补助资金进行清算。
金太阳工程的一大特点，是“初投资补贴”，即用财政收入直接补贴工程建设。与其对应的是“度电补贴”，即根据电站建成后的发电量进行补贴，目前为绝大多数国家所采用。初投资补贴鼓励投资者压低电站成本造价，度电补贴则要求投资者通过提升电站质量来获利。
“做了很大努力，但无论怎么补bug，打补丁，都发现不行。”参与政策制定的一位官员认为，“这种财政资金直接补贴产业链前端的设计，从根子上就是错误的。”
在初投资补贴模式设计下，从项目审批，到补贴发放再到后期监管，任何一个环节都有可能出现财政资金流失和浪费的漏洞。
这其中，项目评审是分食链条中的第一环。
“只有30%至40%的申报项目可以获得批准。”一位熟悉内情的光伏组件商告诉记者。为了对众多申报项目进行事先甄别，财政部和国家能源局从其专家库中抽取相关专家，由鉴衡中心牵头组织评审团，对申报项目进行遴选。
“竞争激烈，评审时通通关系就很正常。”一位熟悉内情的金太阳工程业主直言，“这项示范工程并没有明确的标准，凭什么就批给你？难道是比谁的可研报告写得好吗？”
另一金太阳工程业主称，他和一些同行在提交评审材料后都接到了“神秘中间人”的电话，询问“需不需要帮你们跑一下”。所谓跑一下，“我个人理解就是指导业主如何送钱”。该业主还猜测，这些“神秘中间人”可能是“某些有话语权人物的身边人”。
一位接近评审组的能源专家也向记者透露，每年评审组成立后，希望涉足金太阳项目的民营业主加紧向他们“公关”。他称自己拒绝了所有“炮弹”，但拒绝对评审组其他成员作出评价。
对评审团可能存在腐败的指控，鉴衡中心主任秦海岩予以否认：专家组没有收过钱。企业有可能交钱了，也有可能被列入名单了，但是它给中间人交钱与拿到项目没有关系。“他们是被骗了”，他强调。
项目通过专家组评审后，财政部的补贴款就会直接拨至项目所在地的市财政局，该局会为业主单位开设一个银行账号，将70%的补贴款（2012年第二批项目改为35%补贴款）汇至该账号内并封存。待业主单位提交核准文件、安评环评报告、项目批文等文件，证明项目已具备开工条件后，该局将与银行会签解冻账户，企业可自由使用其中资金，用以购买光伏组件和逆变器设备等。
在此环节上，组件商亦可巧妙得到超额利润。
“金太阳救了我的命。”一家国内光伏组件商的负责人介绍，其公司曾因欧美双反，产品滞销。2011年，该组件商转而申请成为金太阳工程项目的业主，项目全部采用自己生产的组件，不仅全部消纳了库存，尘封多时的生产线也得以重新启动，陆续又生产了20兆瓦的组件。
据记者统计，财政部2010年以来批复的金太阳项目中，至少有四分之一的项目业主是光伏组件商。为应对欧盟双反，财政部2012年集中批复了4000兆瓦的金太阳项目，是此前三年批复总量的4倍。这成了国内组件商消化库存的一个重要渠道。
知情人士透露，“大型国企的组件招投标过程相对公开公平些，一些民营业主招标过程则免不了利益输送。”借此工程，部分组件商也清理掉了一些有瑕疵的产品，这些产品原本很难变现。
光伏电池板在印刷过程中可能会出现色差，在装片过程中可能会出现外边框划痕，这些瑕疵虽不影响使用，但是无法出口欧美，通常会积压在仓库角落。不过，金太阳的业主喜欢这样价格低廉的瑕疵品。由于是初投资补贴，工程成本压得越低，利润空间就越大。
秦海岩表示，鉴衡中心在项目验收时会对组件和逆变器等关键设备的关键指标进行严格把关。“这些产品，外观上有瑕疵，但是质量没问题，就像手机背面有划痕，但是不影响使用，不能叫以次充好。”
秦驳斥了此前媒体种种关于金太阳“以次充好”“骗补”的报道，称鉴衡中心验收的所有工程中没有发现媒体所说的情况。“组件、装机量等都经过我们的检测，有问题的绝不会通过验收。”
秦还称，此前业界传言最盛的“一块电池板重复使用，骗取两次补贴”的情况不可能出现。记者曾为此遍寻与金太阳工程相关的人士，确未发现“拆东墙补西墙骗补”的具体案例。
目前，财政部要求获得补贴的光伏项目每天上传发电数据，数据具体由国家发改委节能中心和鉴衡认证中心共同实时监控。不过，有业内人士透露，这套系统可以监控项目是否仍在发电，但很难监控转化率之类的指标。
“如果转化率低，是因为光伏组件质量差，还是因为天空中飘过来一片云，是没办法明确知道的。而且就算知道了，也很难去监管——反正补贴已经给企业了。”
“金太阳工程的寿命期是20年，怎么保证未来的质量？五年后转换效率出现衰减怎么办？算不算质量有问题？”中国可再生能源学会副理事长孟宪淦反问，“五年后，一些小的开发商可能早就不知道在哪儿了，找谁去算这笔账？”
“补贴到手，以合理价格变现是一个不错的选择。”亦有业内人士提醒称。这些组件衰减较快的电站在价值上可能打折，但绝非毫无价值，接手的下家依然可通过电费收入获得利润——国家财政补贴最后成为交易双方共享的利润。
在金太阳利益链上，业主和EPC的利润空间则更大。117号文称，被取消示范的金太阳工程“如继续实施，可按国家有关规定享受分布式光伏发电度电补贴政策”。在初投资补贴和度电补贴两种模式下，内部收益率都在8%至10%左右。
但是，由于初投资补贴在投资时就可享受到国家大量补贴，“等于是国家财政帮着免费融资”；而度电补贴则需要业主在前期投入大量资金，成本回收较为长期。因此，采用初投资补贴的金太阳工程，受到了业主的热捧。
这其中，有不少已批复项目虽具备开工条件，但业主却选择晚开工或干脆不开工。一家组件商坦言，部分业主拿到补贴后选择等待，是在等组件价格下降，“用今年的高额补贴买明年的便宜组件。原来的补贴款占到工程总造价一半，组件价格下来一半后，光财政补贴款就足够支付总造价了”。
申银万国［微博］出具的一份报告显示，光伏发电系统造价已由2010年的30元/瓦，降至目前的8元/瓦至10元/瓦。一位业内人士分析，如果能抓好这个时间差，金太阳项目的内部收益率可能高达30%，而正常情况下内部收益率仅为8%至10%。
还有少量业主拿到补贴之后，不积极开工，只为吃利息。10兆瓦的金太阳项目，首期可获得补贴款超过3500万元，利息相当可观。“大不了政府发现了，再把补贴收回去，就当它是财政部的无息贷款。”