(三)农村环境保护管理和监管能力不足
我国最基层的环保部门是县一级环保机构，乡镇一级尚无相关职能部门，县级环保部门受各种条件限制，很难对乡镇环保部门进行有效的管理。我国基层从事环境保护工作的人员相对较少，并没有建立起系统的农村环境质量监测体系。由于我国农村基层环保机构还不健全，环境监测和环境监察工作尚未覆盖广大农村地区，存在污染事故无人管、环保咨询无处可问的情况。
(四)农民环境保护意识薄弱
农村的环境保护处于起步阶段，加上受传统意识的影响，大多数农民的环境意识和知识水平处于较低水平，农民对环境危害的源头和危害程度往往认识不清，比较看重有型的经济利益，而忽略潜在的环境危害。环境信息不对称是农民参与意识淡薄的主要原因之一，农业经济组织的环境社会责任意识以及农民的环境危机意识不强，严重妨碍了广大农民对于受害的认知、预防和救济，导致农民环境利益受损。
三、我国农村水污染的相关对策
(一)完善农村环境保护法律法规
构建农村环境保护法制体系，加快农村环境保护法律、法规建设步伐。针对我国农村水污染的状况，制定农村水污染单行法，或者修改现行法律，增加农村水污染防治内容，使农村环境保护工作有法可依，以完善农村环境污染防治的法律体系，消除农村环境保护方面的立法“空白”。虽然我国部分地区已经出台了省级农业生态环境保护条例，但国家层面的农业和农村生态环境保护条例几乎“空白”，因此应尽快制定相关法律法规及促进农业废弃物综合利用、有机肥推广使用等有关政策，切实保护农村水环境。
(二)加大财政资金支持力度
建立以各级政府财政支持为主体，引导农村集体和农户投入，工商企业及社团等其他社会资本共同参与的农村环境保护稳定投入渠道。政府及其相关部门应采取有效经济激励措施，从价格、税收等方面制定环保优惠政策，从源头上解决农村水环境污染问题。建立绿色信贷制度，对环境友好型企业或机构提供贷款扶持并优惠性低利率，而对污染企业的新建项目投资和流动资金进行贷款额度限制并实施惩罚性高利率。
(三)健全农村环保机构和环保政绩考核机制
健全农村环保机构，建立从中央到地方进行统一管理的环保机构。各级政府设置专门的环保机构，作为环保总局的分支机构，不隶属于当地政府主管，但各地政府必须参与辅助本地环保机构工作。同时，建立完善的领导干部环境保护实绩考核制度，实行环境责任追究制。农村水污染列入领导干部评价指标体系，强化环保奖惩机制，将问责制切实引入官员考评之中，增强水污染防治责任感，赋予环境保护部门对考评官员提出处理、处罚意见的权力，保障和加大农村环保纳入官员考评的问责力度，杜绝为了追求短期经济利益，牺牲环境行为。
(四)大力发展循环经济，完善生态规划
循环经济是对传统经济增长方式的根本变革，落实科学发展观、建设资源节约型和环境友好型社会的重要途径。农村循环经济的建设是把农业生产活动科学地纳入自然循环过程中，从而把经济活动对自然环境的影响降低到最低程度。农村污染治理要采取适合农村情况的技术，现在有许多污染治理技术是根据城市污染的现状来开发的，这些技术应用到农村，很有可能出现不适用的情况，因而采取适合农村的污染治理技术，才能真正收到效果。
(五)健全环境准入制度，严格控制农村地区工业污染
环境准入制度的完善必须做到环境准入内容的全面化、环境准入标准完善化和环境准入制度的法制化。完善乡镇企业管理的法律体系，各地政府要根据当地实际情况，制定地方性环境保护法规，并在此基础上制定乡镇企业主要是污染行业的环境管理部门规章，使乡镇企业有法可依。提高环境准入门槛，明确环境准入的内容和准入的标准，实施排污总量控制，在环境敏感区扩建、改建项目，不能增加污染负荷，禁止污染严重的工业项目向农村转移。强化限期治理制度，对不能稳定达标或超总量的排污单位实行限期治理，治理期间应予限产、限排，并不得建设增加污染物排放总量的项目。
(六)加强环保宣传，提高农民环境保护意识
环境意识对环境污染起着举足轻重的作用。只有人们整体环境意识的加强，并将环境意识和环境行为二者充分有机结合起来，才是解决整个环境问题的根本突破口。环境教育是提高人们环境意识水平的重要保证。首先应根据目标人群选择合适的环境教育方式和内容，采用多种形式开展农村环保宣传活动，面对农村出现的新问题，宣传部门、新闻媒体要增强公益意识、环保意识，把环境保护列入宣传重点。