专家们认为分子生物学的工具为加深大家对厌氧微生物的认识提供了很好的平台。特别是以RNA为基础的宏基因组测序技术，使人们能更好地理解系统组成和各部分的功能。另外一些对蛋白活性的研究也是很有帮助的。但要让这些技术发挥更大的效能，需要找到和现有的实时监测技术相结合的途径，而且还需验证能否成功将其它从实验室研究转化到污水厂实际应用。
通过加深对厌氧微生物的理解和认识，一个最终极的问题将可能得到回答，即我们是否能够人工设计微生物群落和工艺。不过在此之前，我们仍需要先研发出更好的工艺控制和设计模型。
生物沼气的加工提纯
生物沼气的调节系统已有成熟的行业标准，以除原始沼气中的杂质，例如水、硫化氢、二氧化碳和硅氧烷等物质。这些步骤需要耗费能源，如何提高提纯技术的能效是问题关键。目前还是遇到很多难题，例如：
使用再生吸附技术时会造成甲烷的损失
去除硫化氢需要频繁更换媒介载体，而且耗费很多人工费用
溶剂分离技术的工艺复杂，而且表现数据有限