但目前实际情况却是，许多大企业参股或控股银行和其他金融企业;或者，这些企业拿银行廉价信贷买卖理财产品、从事股票和期货交易、房地产炒作、以及其他金融交易和投机业务。而购买理财产品已经成为在新三板上挂牌的中小企业们最常见的“投资”举措。
2016年1月1日至9月18日间，新三板挂牌公司公布的理财相关公告多达1337个，其中包括包括芳笛环保、易二零、中联环在内的23家环保企业购买了理财产品，也就是说，每10家新三板环保公司中，就有一家在购买了至少一个理财产品。
今年2016年8月8日，股转公司发布《挂牌公司股票发行常见问题解答(三)——募集资金管理、认购协议中特殊条款、特殊类型挂牌公司融资》指出，应当设立募集资金专项账户，将募集资金从认购账户转至募集资金专项账户，并由主办券商核查后向全国股转公司补充提交专项核查报告及三方监管协议。
而当前新三板市场上各类募集资金使用情况，发现最容易出现四种募资违规情况。第一，违规提前使用募集资金，将募集资金用来投资理财产品;第二，股票投资中出现的违规现象;第三，募集资金用于债券投资中的违规现象;第四，提前使用募集资金遭罚。
对于新三板表现出来的融资困难，有许多企业已经开始准备转战IPO。
有数据表明，去年一年发布上市辅导公告的企业仅有44家，而今年上半年以来就有185家的挂牌公司发布上市辅导公告，其中有53家公司的IPO申请已被受理，占申请总数的近30%。
有业内人士表示，今年5月全国股转系统分层制度落地后，市场的表现仍不尽人意，为了满足融资需求，很多企业对A股市场又重燃希望，放弃三板市场转向主板市场的意愿非常强烈。
对于新三板融资困难这一备受诟病的问题，全国股转系统挂牌业务部副总监尹舒透露，下一步，全国股转系统将进一步完善市场的投融资机制，研究募集资金负面清单，引导资金流向实体经济。同时规范并鼓励挂牌同时发行股票，推动放开挂牌同时向合格投资者发行人数限制，提高中小微企业直接融资比重。
总的来说，全国股转系统将着重研究基于新三板市场特点的流动性一揽子解决方案。将全面评估流动市场状况，将增强做市商组织和交易定价的能力，改革交易制度，优化做市转让方式，推动盘后大宗交易制度落地，这些工作都在系统有序地推进过程中。