实行省以下环保机构监测监察执法垂直管理制度，是“十三五”时期适应新形势，实现环境质量总体改善目标的一个重要的改革举措，是生态文明体制改革的重要组成部分。
实施这一制度是为了解决地方政府对环境执法的干预及部分地区存在的执法不严、基层执法能力明显不足等问题，更有效地实行最严格的环境保护制度。以此落实企业环境保护主体责任，推动环境违法向环境守法转变，推动环境质量持续改善。
笔者认为，垂直管理在具体落实过程中，应着重解决好4个问题。
首先，解决好环境监察系统的身份问题。从当前状况来看，这一问题给省及以下环境监察执法工作带来了很多困扰。虽然《环境保护法》对环保部门环境执法进行了明确授权，国务院办公厅《关于加强环境监管执法的通知》也明确要求加强环保部门的执法能力建设。但是，由于环保部门未被列为执法部门，导致执法车辆、制服等无法得到有效配套保障，甚至在部分地区环境监管执法经费未纳入财政的全额保障范围。
此外，作为环境监管执法的主要力量，省及以下环境监察部门只是环保部门的直属单位，大部分为参公或者公益一类事业单位，只是受环保部门委托进行环境监管执法工作，行使部分执法权限，这使得环境执法的独立性、权威性和有效性受到影响。建议在垂管制度的实施过程中，进一步协调有关单位，通过出台法律解释或者单项授权等方式明确省及以下环境监察部门的执法地位，确保更加有效地开展好环境监察执法工作。
其次，解决好环境监管执法在环境管理的定位问题。近一两年，国家密集出台了一系列文件，环境保护部也对部分司局职能进行了调整。各省在实施省以下环境监察执法系统垂管制度时要将其纳入整个环境管理体系的改革中考虑，明确好督企和督政、统一监管和元素管理、局部和整体、手段和目的的关系，在整体大框架下进行操作，才能从根本上起到实效。
第三，解决好市县两级环境监察部门和地方环保部门之间的关系问题。省以下环境监察部门垂管之后，县级环保局变为市级环保局的派出机构，市县两级环境监察部门由原来环保局的直属单位变为隶属关系不同的两个单位，环境监察部门的执法也由原来环保局的委托执法转变为省环保部门的委托执法或授权执法。
这样，就可能产生3个问题。一是市县两级环保部门在进行环境执法过程中各方面的能力尤其是环境执法人员配置匮乏，在实际工作中可能会导致环境执法的缺位。以安徽省黄山市环境保护局为例，市环境保护局行政人员编制15名，市环境监察支队人员编制20名，原环境监管执法工作基本由环境监察支队专门从事，但垂管后只能由环保局自行开展，人员配备明显不足。二是如果省级环保部门及垂管后的环境监察部门和市县环保部门都有环境执法授权，两者都有执法需求，也都可以进行环境执法，这在实际工作中就可能出现重复执法、过度执法问题。三是市县环保部门的环境管理整体性较难维持。对一个地区来说，环境管理在相当程度上具有整体性，从环境保护的宏观管理、排污许可、项目审批直至环境监测、环境监管执法在一定程度上是无法割裂的，但垂管制度的实施可能会割裂这种整体性。在实施省以下环境监察执法机构垂管制度前，需要明确市县环保部门和环境监察部门之间关系，探索实施市县环保部门领导由省级环保部门和地方政府协商任命、市县环境监察部门可横向交流等制度，在两者之间建立比较完善的沟通协调机制。在保持环境执法独立性的前提下，解决可能出现的环境管理碎片化、环境执法缺位或者重复执法、过度执法的问题。
第四，解决好监管力量整合的问题。目前来看，分布在不同领域、不同部门、不同层次的环境监管职能还比较多。因此，必须有序整合监管力量，建立权威统一的环境执法体制。例如，目前对自然保护区的管理，林业、海洋、国土、环保等多个部门均有参与。由于部门利益问题，经常相互扯皮，无法形成统一意见。各层级的自然保护区都长期存在着一些违法违规开发建设的情况，却一直无法得到有效遏制。随着环境管理体系改革步伐的推进，在理顺环保部门内部机制的前提下，应有序整合不同领域、不同部门、不同层次的监管力量，建立权威统一的环境执法体制，为改善环境质量提供更坚实的制度保障。