一直以来，我国农村水务发展严重滞后于城市。由于乡镇企业（尤其是养殖企业、化工类企业）的快速发展，加上生活污水的大量排放，农村水体污染严重。农村水污染物排放量维持高位（占全国水污染物排放量50%以上），但处理率较低（仅为7%），与城镇污水接近90%的处理率形成强烈反差。大部分省份农村污水治理还未全面铺开。以明显高于全国水平的北京为例，全市近3000个村只有676个村建有污水处理站1040处。2013年，全市农村污水排放量约为1.14亿吨，处理量0.58亿吨，不足50%，水体污染严重。
由于污水长期直接排入水体，加之村镇水体通常较小，环境容量十分有限，造成的结果就是不但水体丧失了应有的功能，而且还严重破坏了村镇的整体环境和景观。农村污水处理不好，不仅无法实现中央提出的建设美丽乡村的宏伟目标，更是直接威胁农村饮用水安全，影响人民生命健康。
一、存在的问题
1．农村污水处理设施建设严重滞后
农村污水处理率增长缓慢，平均每年为1%，仍然处于污水处理的初级阶段。农村污水处理设施建设普遍存在厂网建设不完善，水平低下的问题。一是大部分村庄无污水处理设施，污水直接排入河道，污染水体；二是有污水处理设施的水平不高，且有不少处于闲置或排放不达标状态；三是污水收集管线覆盖面不足，导致污水无法进入已有的污水处理站。四是一些大都市郊区村庄，随着旅游方式的季节性，会议性，出现集中排污现象，已有的设施不能满足需求。
2．缺乏适宜的污水治理设施，运行维护人才匮乏
村镇污水具有排水量小而分散、水质波动比较大等特点，在村镇污水处理上不宜采用较为成熟的城市污水处理工艺，而一些所谓的生态型工艺往往不能满足处理要求，或缺乏实施的条件（如土地资源）。农村也普遍存在缺乏污水处理设备维护专业技能的管理人员，难以胜任目前少有的污水设备的专业系统维护工作，导致设施管理不到位，运行效率低、水质不达标。
3．农村污水处理设施运维费不足
全国尚未出台农村污水处理设施运行经费拨付办法和标准，农村也没有征收污水处理费，污水处理设施运维费主要靠各级政府投入。大多数地方政府并没有将设施运维费纳入财政预算，由村两委负责的污水处理设施，需要乡镇自筹，运维费基本不能到位。经费不足也导致缺乏专业的污水系统维护，已有的污水设施运行效率低下。
二、相关建议
1．将农村污水治理作为"十三五"污水治理的重点加以规划
我国城市和县城污水处理率已经达到87%和75%。"十三五"期间，污水治理重点应该从城市转向村镇，积极推进村镇污水处理设施建设和服务工作的落实。结合新农村建设，旧村改造等，推进农村环境连片整治，提升农村污水治理水平。加强农村污水治理规划，统一规划，统一建设，统一管理，尽快制定全国统一的农村污水排放标准。要特别加强涵养区、源头区等水源地和农村旅游村等重要地区的污水治理。要因地制宜，科学制定污水治理方案，分步、有序地实施农村污水管网和污水处理设施新建和改造工程，逐步实现农村污水全收集和全处理。
2．加大专项资金投入，完善社会资金对农村污水治理的投入、利益分成及退出机制
建议加快制定、完善和细化可操作的农村环保基础设施建设（包括污水治理）等方面的财政投入政策。各级地方财政资金负责解决配套管网建设和污水处理站的日常运行维护。同时，要完善社会资金对农村污水治理的投入、利益分成及退出机制，将"谁污染谁治理、谁破坏谁恢复、谁投资谁受益"的通行公平原则，从适用于法人向适用于自然人拓展。在加大对农村生活污水处理扶持力度方面，国家环保部门要推动制定农村生活污水处理设施资金补贴管理办法，推进运行用电电价等优惠政策，构建贯彻农村生活污水处理系统建设、运转和维护全过程的补助机制，具体包括农村生活污水处理设施建设补助、农村生活污水处理设施运转和维护补助等。
3．建立县乡村三位一体的管理和监管模式
县级水务部门负责农村污水处理设施的监督管理，环保部门负责对设施运行情况及出水水质进行抽查，确保农村污水治理达到相关标准（依据使用建立分级标准）；各乡镇政府负责监督特许经营单位对污水设施运营合同的执行情况，各村作为污水设施的产权单位，配合乡镇政府对特许经营单位进行监督。县级主管部门应该定期对各村的污水处理设施的运行月报表进行检查统计和考评，对于设施运行维护存在问题的运营单位，及时提供现场技术指导，协调相关部门共同解决问题，保证污水设施正常运行。
4．加大科技投入，提升农村污水设施的效率和降低污水治理的成本
建议加强政策引导和经费投入，研发适合农村污水处理的效率高、成本低、维护智能的污水处理集成装置，并在农村污水处理体系示范推广，提升农村污水处理设施的效率，降低污水治理成本。此外，发达国家在农村污水治理有较多的成功经验，可以引进和示范推广国外农村小型化智能污水处理设施，并加以消化吸收，推进国产化。