1、撤销(有下列情形之一的，作出行政许可决定的行政机关或者其上级行政机关，根据利害关系人的请求或者依据职权，可以撤销行政许可：(一)行政机关工作人员滥用职权、玩忽职守作出准予行政许可决定的;(二)超越法定职权作出准予行政许可决定的;(三)违反法定程序作出准予行政许可决定的;(四)对不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的;(五)依法可以撤销行政许可的其他情形。被许可人以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，应当予以撤销。依照前两款的规定撤销行政许可，可能对公共利益造成重大损害的，不予撤销。)一般需要由行政机关作出决定，撤销的事由通常是行政许可的实施过程中有违法因素，即违法导致行政许可的撤销。
对撤销的行政许可，行政机关根据被许可人的申请，可以重新作出准予行政许可的决定。撤销对被许可人的行政许可，不是一种永久性处罚，在撤销行政许可后，被许可人仍然有权利就同一行政许可事项再向行政机关提出许可申请，行政机关对被许可人的申请，经审查，可以重新作出准予行政许可或者不予行政许可的决定。
比如，此次新老办法过渡阶段，此前作出的资质机构，因为“不具备申请资格或者不符合法定条件的申请人准予行政许可的”(新办法第38条)，那么，环保部有权撤销资质!撤销的仅仅可能是一部分或者是全部。比如，原先有3个书的类别，可能此次仅撤销其中1个书的类别，也即“重新核定”。
2、注销(有下列情形之一的，行政机关应当依法办理有关行政许可的注销手续：(一)行政许可有效期届满未延续的;(二)赋予公民特定资格的行政许可，该公民死亡或者丧失行为能力的;(三)法人或者其他组织依法终止的;(四)行政许可依法被撤销、撤回，或者行政许可证件依法被吊销的;(五)因不可抗力导致行政许可事项无法实施的;(六)法律、法规规定的应当注销行政许可的其他情形。)的事由不仅包括行政许可实施中具有违法因素，还包括其他使得被许可人从事行政许可事项的生产经营等活动终止的情形，即只要被许可人终止从事行政许可事项的生产经营等活动，行政机关即对该项行政许可予以注销。
比如，(第25条)“缩印件页上应当注明建设项目名称等内容，并加盖主持编制机构印章和法定代表人名章”。因此，法人死亡等而无法加盖法人名章，需要注销。
3、撤回(行政许可所依据的法律、法规、规章修改或者废止，或者准予行政许可所依据的客观情况发生重大变化的，为了公共利益的需要，行政机关可以依法变更或者撤回已经生效的行政许可。)既包括申请人在申请过程对其行政许可申请的撤回，也包括行政机关因为行政许可所依据的客观情形发生重大变化而对其行政许可决定的撤回。对于行政机关来说，撤回主要是指行政许可的实施以及被许可人从事许可事项的活动本身并不违法，但客观情况发生了变化，行政机关对行政许可的撤回。行政机关在撤回行政许可后，也要履行注销行政许可的手续。
比如，此次新老办法过渡阶段，因为此前作出的资质行政许可依据的规章(老办法)修改，那么，环保部有权撤回资质!
4、吊销(吊销是指收回并注销，即吊销是指由有管辖权力的部门停止原来准许进行某项活动的对象停止该项活动并收回准许文本的执行过程，一般带有强制性。起因基本是由于该对象违背了发放文本时的约定所致。)
“第七条环评机构应当为依法经登记的企业法人或者核工业、航空和航天行业的事业单位法人。”因此，当企业法人或者事业单位法人的营业执照、税务登记等证件依法(其他法律，本次不表)吊销后，环评资质同步被吊销。
另外，个人认为，所有的上述四种行政处罚，均不是永久性处罚，当重新满足要求后，均可以重新申请!(一般会有一个时限要求，如第19条。)
可以持续关注《关于注销9家机构建设项目环境影响评价资质的公告》(公告2015年第59号)中(北京大学、天津市亚瑞环境保护科技中心、西南石油局勘探开发规划设计研究院、大理白族自治州环境科学研究所、楚雄州环境科学研究所、西藏自治区水利电力规划勘测设计研究院、西藏自治区地质环境监测总站、青海省环境科技咨询服务中心、青海省辐射环境技术服务中心)注销9家机构的进展以印证!
注：以上仅代表个人看法，以国家相关规定为准!