当前，我国农业农村经济发展进入最好的历史时期，粮食生产实现“十一连增”，连续两年稳定在12000亿斤以上，在取得巨大成就的同时也付出了巨大的代价，资源利用的弦绷得越来越紧，生态环境的承载能力越来越接近极限。面对资源条件与生态环境的双重“紧箍咒”，迫切需要转变农业发展方式，加强农业面源污染治理，切实推进农业生态环境保护与治理，促进农业可持续发展。
一、科学把握农业面源污染形势，切实增强农业面源污染防治工作的紧迫感和责任感
第一次全国污染普查显示，2007年全国农业源的化学需氧量(COD)、总氮和总磷排放分别达到1320万吨、270万吨和28万吨，分别占全国排放总量的43.7%、57.2%和67.4%。其中畜禽养殖源占农业源COD的96%，是农业面源污染的主要“贡献者”。畜禽、水产养殖，化肥、农药和农膜等农用化学品投入是污染主要来源。与工业点源污染通过集中排污口直接进入水体不同，农业面源为分散排放，并且其污染过程从农业生产行为到排放、最终到影响环境也不是简单的直接因果关系。研究表明，我国农田化肥中氮35%在当季被作物利用，剩余绝大部分被留存农田土壤中，少量流入沟渠，最终仅有不足5%通过径流进入地表水体。因此虽然我国农业源污染物排放总量较高，但真正进入水体的量仍非常有限。
现阶段农业面源污染形势总体严峻，但也存在一些特殊性，需要我们认真研判，精确施策。
一是养殖业集约化程度越来越高，由于畜禽粪便等废弃物资源化利用率较低，污染排放呈上升趋势。近几年我国畜禽养殖总量不断增加，2013年全国生猪出栏超过7亿。同时，规模化集约化快速发展，生猪年出栏500头以上的规模养殖比例达到40.8%。与此同时，养殖废弃物处理设施建设却相对滞后，大量畜禽粪便难以及时处理和利用，使得畜禽养殖废弃物由传统农家肥变成了污染物。此外，我国的水产养殖规模也在迅速扩大，1978年水产品总量为465.4万吨，其中人工养殖占26.1%，2013年水产品总量达到6172万吨，人工养殖占到73.6%，水产养殖中大量饵料、鱼药投放造成水环境污染。
二是主要粮食作物化肥用量基本合理，蔬菜和瓜果等经济作物过量施用现象比较突出，总体上化肥消费增长率在下降，但化肥投入量仍然偏大。2013年我国化肥使用量为5912万吨，占世界的35%，按照20.3亿亩耕地计算，平均单位面积化肥施用量达436.8公斤/公顷，还远高于世界平均水平。值得指出的是，目前我国主要粮食作物氮肥平均使用量约为212公斤/公顷，已经低于环境安全上限(发达国家为防止水体污染所设置的安全上限值为225公斤/公顷)，但果树555公斤/公顷、蔬菜365公斤/公顷的氮肥平均用量还远高于环境安全要求，果园和设施蔬菜化肥过量施用现象还较为突出。
三是单位面积农药使用量高于世界平均水平，但低于美国等发达国家。总体使用量趋于稳定，但利用率偏低。近年来，我国农药使用量稳定在32万吨(有效成分)左右，占世界农药总用量的1/7，比例高于我国土地面积占世界耕地面积的比例，这与我国土地复种指数高有关系。总体来看，我国单位面积农药使用量高于世界平均水平，但低于美国、以色列、日本等发达国家。另一方面，当前我国农药利用率偏低，仅为35%，残留农药经过降水、地表径流和土壤渗滤进入水体中，会导致土壤和水环境质量的恶化，破坏生态、影响生物多样性。
四是地膜回收率较低，破旧农膜残留问题仍有待破解。我国地膜使用总量和作物覆盖面积均高居世界第一。2013年，全国农膜用量为249.3万吨，由于超薄地膜的大量使用以及残膜回收再利用技术、机制欠缺，“白色革命”逐步演变为“白色污染”，农田地膜残留污染问题日益突出。地膜残留危害严重，影响土壤结构，降低耕地质量;影响出苗，造成减产;影响农机作业，造成播种和施肥质量下降;牲畜误食不断发生，危害牲畜健康。
五是农作物秸秆综合利用率偏低，循环利用能力亟待提升。农作物秸秆是用途丰富的农业资源。据推算，2013年全国秸秆总产量及其可收集利用量分别为9.64亿吨和8.19亿吨，实际利用量约6.22亿吨，综合利用率仅为76%。随着农用能源结构的变化，农作物秸秆在生活用能源中所占比例愈来愈少，多余秸秆的出路，一是就地焚烧，造成空气污染，降低大气能见度，妨碍交通，危害人体健康;二是弃之田沟或堆入河沟或湖中，经风化、雨淋与腐烂，秸秆中的有机物进入水体造成污染。
总的来讲，随着我国农业集约化程度不断提高和养殖业的迅速发展，化肥、农药等农业投入品过量使用及畜禽粪便、农作物秸秆和农田残膜等农业废弃物不合理处置导致的农业面源污染问题日益突出，严重制约农业和农村经济可持续发展。因此，加强农业面源污染治理是确保农产品产地安全、实现我国粮食安全和农产品质量安全的现实需要，是改善农业生态环境、加快转变农业发展方式、实现农业可持续发展的内在需要。必须要科学把握农业面源污染日益严重的形势，深刻认识到加强农业面源污染治理的重大意义，切实增强工作的紧迫感和责任感，
二、农业生态环境保护与治理工作取得积极进展，为打好农业面源污染防治攻坚战奠定坚实基础
我国农业面源污染是长期积累产生的，有其特殊性和复杂性，不可能在一朝一夕得到完全解决，需要较长时期的不懈努力。近年来各级农业部门在保障农业发展的同时，不断加大农业生态环境保护与治理工作力度，初步建立了农业面源污染防治工作队伍和专家支撑队伍，政策体系也在逐步建立完善，探索形成了一批实用技术和典型模式，这些都为打好农业面源污染防治攻坚战奠定了良好基础。
一是体系队伍建设不断加强。已形成了由两个国家级总站为龙头，33个省、自治区、直辖市和计划单列市农业环保站为主体，326个地级站和1794个县级站为基础的四级农业环境保护管理体系，为农业生态环境监测与防控提供了队伍体系保障。
二是监测预警能力不断提升。初步构建了全国农业面源污染监测网络，不断推进农业面源污染监测常态化、制度化运行;建成了国家、省、市、县的四级耕地质量监测网络，发布国家级耕地质量监测年度报告;初步形成了覆盖我国近海海湾、岛礁、滩涂、自然保护区、水产种质资源保护区及增养殖水域的环境监测网络体系，定期发布《中国渔业生态环境状况公报》。建立了农产品产地污染国控监测网，开展产地重金属污染调查。
三是大力推进化肥农药科学施用。全面普及测土配方施肥技术，推广面积达到14亿亩;深入实施绿色防控，设立国家级绿色防控示范区150个，陆续淘汰高毒农药33种，大力推广使用高效低毒低残留及生物农药;开展农作物病虫专业化统防统治与绿色防控融合推进试点建设，建立示范基地218个;2015年初,印发了《到2020年化肥、农药使用量零增长行动方案》,启动实施化肥农药使用量零增长行动。