菏泽坚持把产业转型升级作为全面提升发展质量和效益的突破口，通过培育新兴产业、提升传统产业等方式，促进高质高端高效发展，夯实“高地”建设基础。
大力培育新兴产业。菏泽着力发展新医药、新能源、新材料、高端机电制造“三新一高”产业，突出抓好太阳能屋顶发电、九为生物医药产业基地和高压共轨电控喷油器等一批大项目建设，确保山东辰信新能源、广源铜带等一批产品替代进口、填补国内空白的企业加速崛起。达驰公司去年上马的
特高压换流
变压器项目，目前±400KV级换流变压器必备条件和设计方案已通过专家评审论证，将在
国家电网“十二五”规划中的特高压直流线路建设中挂网运行，公司跻身全国高端变压器行业前列。1-8月份，全市规模以上新医药产业实现主营业务收入295亿元，同比增长13%。
加快提升传统产业。菏泽实施百个重点项目建设和百强企业培育“两大工程”，推动能源化工、生物医药、机电设备制造和农副产品加工产业加快发展，以增量优化带动存量调整，加快新型工业化进程。1-8月份，全市规模以上工业企业实现主营业务收入4014.6亿元，利税507.3亿元，利润309.4亿元，同比分别增长15.1%、12.8%、12.3%。东明石化、玉皇化工2家企业继续位列中国500强。
淘汰转化过剩产能。菏泽把化解过剩产能作为促进经济转调创的重要举措，将化解过剩产能任务细化分解成41个子项，明确了发展改革、经济信息化部门牵头，市直22个职能部门共同参与的化解过剩产能工作的长效机制。1-8月份，炼油、子午线轮胎行业产能利用率分别达到61.85%、54.44%，分别比上年年底提高15.08、14.95个百分点，平板玻璃产能利用率达到96.53%。
推进科技创新支撑。菏泽坚持把科技创新作为加快推动产业转型升级的新动力(310328,基金吧)，积极构建以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的科技创新体系。今年市级安排科技资金5000万元，上半年全社会研发投入强度达到1.08%。同时，加快创新平台建设，市开发区科技孵化器入驻山东大学鲁南药物研究院等9家科研机构，道中道抗肿瘤药物、DNA 检测试剂盒等4个项目成功转化落地，市高新区被科技部认定为首批“国家火炬计划生物医药特色产业基地”，省级工程实验室增至4家。注意加大人才培养力度，国家“创新人才推进计划”实现零的突破。鼓励引导企业聘请知名专家担任技术顾问和项目带头人，引进国家“千人计划”高层次人才1人 ，特聘泰山学者3名、院士3名，壮大创新队伍。