5月21日，环保部与住建部联合下发文件，要求加强城镇集中式饮用水水源地及供水系统的防控污染，文件针对近来发生的多起饮用水水源地及供水系统污染事件，其中凸显了我国城镇集中式饮用水水源地及供水系统防范水污染存在薄弱环节。
自2014年4月起，联合浩泽净水，在中国社会科学院可持续发展研究中心的学术支持下，开展了名为“净泽计划”的全国重点地区饮用水水质调研行动，重庆是调研行动继北京、西安后的第三站。
经调查发现，长江与嘉陵江不仅是重庆市的主要饮用水源，同时也是接纳城市污水、工业废水的唯一水体，这一基础性的现状决定了重庆水源地保护面临的复杂局面。
调研显示，重庆市水源地水质总体良好，但进入今年后开始呈下降趋势，总磷超标较为普遍；长江、嘉陵江两岸工业企业及城市污水是主要污染来源；在三峡水库蓄水后，水流急剧减缓、水污染加重，水源地保护制度及措施仍沿用河流型水源地模式，难以适应新的变化。
水质监测尚难以覆盖所有饮用水源地，尤其是分散式和农村饮用水源地管理存在不足，监测指标选取过于随意。
水质总体良好
2014年呈下降趋势。
重庆人自古以长江与嘉陵江为主要用水源地。
根据重庆市环保局为提供的资料，目前，重庆市集中式饮用水源共有1144个，其中城市水源82个（含备用水源19个），乡镇水源1062个。
长江和嘉陵江是重庆市主城区生活和工业用水的唯一来源，两条河流自西南向东北斜插重庆城区，截至目前，主城区共设置饮用水源14个，两江各占一半。这些水源地的位置极易分辨，沿长江干流与嘉陵江游走，即可看到重庆市环保局立于两岸的水源地一级、二级保护区绿色标志牌。
主城区以外的渝西经济走廊城镇饮用水水源则主要为水库，水库水亦间接来自长江及嘉陵江。在重庆全境，只有巫山、彭山两县少量饮用地下水。
梳理近两年的水质监测数据发现，重庆市水源地的水质整体良好，但2014年呈下降趋势。
重庆市环保局提供的监测数据显示，2013年，重庆市城市集中式饮用水源主要因子达标率为99.7%，乡镇为95.2%。
但今年的情况却不如去年，以2014年4月的水质监测数据为例，重庆市61个城区集中式饮用水源地水质达标率为95.1%，同比下降3.2个百分点，环比下降3.3个百分点。受四川入境断面总磷超标影响，下游的江津区鲤鱼石、和尚山和南岸区黄桷渡3个水源地总磷超标。
具体到人口最为密集的重庆主城区，形势更加不容乐观。4月，主城区14个集中式生活饮用水源地水质达标率仅为85.7%，同比和环比均下降14.3个百分点，和尚山和南岸区黄桷渡水源地总磷超标0.08倍。
主城区以外其他区县的47个城区集中式生活饮用水源地水质达标率为97.9%，同比上升0.1个百分点，环比持平，但江津区鲤鱼石水源地总磷超标0.10倍。
长江重庆段水质监测并非重庆市环保局一家主管，与重庆市环保局按月公布水质数据的做法一样，长江水资源管理局公布的2014年1月、2月、3月的数据显示，重庆市饮用水源区达标率更低，分别为55.6%、88.9%和66.7%。长江水资源管理局评价的饮用水源区共18个，河长223公里，与重庆市环保局选取的地点及数量均不完全相同。
水源地保护软肋
监管能力不足。
长江与嘉陵江不仅是重庆市的主要饮用水源，同时也是接纳城市污水、工业废水的唯一水体，这一基础性的现状决定了重庆水源地保护面临的复杂局面。
顺长江干流和嘉陵江自上而下，随处可见两岸的生活污水及工厂废水排入江中，与江水混为一体，规模较大的如旅游景点磁器口老街旁的排污水渠，而自来水水厂的14个取水口则顺江排开。
事实上，重庆市政府及环保局的护水措施从未间断。
截至目前，重庆市已出台《重庆市饮用水源污染防治办法》、《重庆市环境保护条例》、《重庆市长江三峡水库库区及流域水污染防治条例》等一批饮用水保护相关的地方性法规或行政规章；编制了《重庆市城市饮用水源地环境保护规划》，并建立了全市集中式饮用水源管理数据库及环境地理信息系统等。
但重庆市环保局负责人也坦言，仍有诸多工作尚需改进存在污染风险压力大及整治不彻底的问题。
“重庆市城镇多呈组团式发展，集中式饮用水源数多、分布散，且以河流型水源为主。长江、嘉陵江干流风险源较多，流域一旦出现污染事件，多个集中式饮用水源地会出现连锁反应受污染。同时，三峡工程建成后，水上运输量大量增加，出现水上交通事故概率大增。” 该负责人说：“另外，重庆市个别城市集中式饮用水源地保护区内还存在船舶、码头和与供水设施无关的建筑物，个别水源地还存在非法网箱养鱼或肥水养鱼等情况。”
在嘉陵江及长江干流3个取水点看到，保护区警示牌的周围存在垂钓、游泳、餐饮渔船等。