“现在一提到中国碳市场，很多人的第一反应会是价格或者流动性。”能源咨询机构Ecofys高级碳市场分析师吴倩拿出一份分析报告《中国碳排放交易机制：配额分配初始评估》（以下简称《报告》）表示，“其实分配问题应得到更多关注，这与成本效率和价格问题都息息相关，对企业履约也有直接影响。”
目前，国际使用的主要分配方法为历史法、基准法和拍卖法。目前中国碳排放权交易试点的分配的主要特征是，绝大多数配额是免费发放并基于历史法；除了电力和供暖领域，基准法尚未大规模使用；越来越多的试点开始实验拍卖。
目前，六个运行中的碳排放权交易试点已分配了10亿多吨二氧化碳排放配额给约1810个中国的控排企业或单位。大多企业对于分配制度大体满意。
不过，吴倩指出，虽然分配方案没有满足到控排企业的所有利益，但为了开发更高效率和更公平的分配方法，一些企业依然对现有分配方法存有疑虑。
出于开发更高效率和更公平的分配方法的目的，一些企业依然对分配存在一些疑虑。
《报告》指出未来的两年非常关键，中国碳交易试点应该学习和改进分配方案。配额分配是碳交易机制的核心要件，合理分配需要行业专业知识和数据支持。
分配方法学待考
2013 年启动碳排放权交易试点，试点地区的发改委相继发布了《碳排放配额计划》。总结下来，历史法是目前中国碳排放权试点中使用最多的方法。
为了解决基准年限期间产量的显著差异问题，有的碳排放权交易试点采用了特殊措施。
例如上海规定，如果2009年到2011年年排放量增长超过50%，允许企业使用最近一年的数据。然而，过去三年中国的经济增长速度不如以前，平均GDP增长速度是7.8%，而2000至2010年约为10%。中国的二氧化碳总排放量增长在2012年也放缓（3%），而过去十年间每年增速为 10%。企业的历史生产活动并不是满负荷运行，而用历史方法会在企业未来排放时出现漏洞。
目前，除了深圳，中国大多数试点地区都有基于历史排放强度或历史排放量的免费分配制度，有的考虑了行业增长或能效因子。但并没有向外公布所有计算因子。在某些试点项目中，即使控排企业也不完全清楚不同因子是如何计算的。
而所有ETS试点都在数据允许条件下进行了基准法的尝试，通过选择行业基准进一步奖励最高效的企业。
尽管中国碳排放权交易各个试点略有不同，但大多数供电供热企业的配额分配是基于不同燃烧技术和设施的产能基准。这些基准的基本公式以“每兆瓦时排放二氧化碳吨数”表示。
中国基准法的使用与欧洲碳排放权交易体系的方法不同，因为对单一产品（比如电力）使用了多种基准（即按照使用技术区分）。
《报告》指出要慎重使用基于附加值的基准法。关于“行业附加值”基准法，很重要的一点是需要理解该指标不一定能反映真正的生产排放表现，原因是不同行业有不同的附加值结构。应该鼓励使用基于产品的基准法，使得可以比较的产品能互相比较其排放效率。