近期，欧委会气候行动总司资助的一份研究报告指出，生物柴油等传统生物燃料会增加温室气体排放，而且造价昂贵，不适合作为替代燃料。该研究估计，不考虑间接影响，生物燃料的减排成本将达每吨二氧化碳100-300欧元。而当前二氧化碳的市场价格仅为6.14欧元/吨，这意味着使用生物燃料减排的代价相当于购买排放权的49倍。不仅如此，生物燃料还会带来毁灭森林、草地等间接影响，实际上是一种增加碳排放的技术。有农业科学家指出，欧盟和其他国家的决策者支持发展生物燃料并非出于环境原因，而是由于别的因素，支持生物燃料可以作为向补贴农民的依据，一些工业游说组织也已能源安全为由鼓吹发展生物燃料。
2007年，欧盟提出了到2020年生物燃料在交通运输业用能中占10%的目标，2009年将其替换为可再生能源占10%。但分析人士指出，生物燃料的比重仍将达到8.8%，其中92%是生物柴油等传统生物燃料。