随着我国新农村建设的不断推进，农村水污染的问题日益突出，不仅严重影响和制约了农业的发展，农民的增收和农村的现代化进程，而且对广大农村地区的人居环境、水生态环境、经济与社会的发展都产生了较大的消极影响，已经成为新农村建设的重要制约因素，应当重点进行水污染防治。
一、我国农村水污染来源
(一)生活污染
随着农民生活水平不断提高，农村的生活垃圾不仅有腐烂的秸秆、菜叶、瓜果皮，还有塑料袋、废旧电池、农药瓶等，垃圾中难降解的有机物迅速增加。目前，农村并没有广泛地建立垃圾清运处理系统，这些垃圾不能及时回收和有效处理，任其在自然条件下分化和分解，因此，产生的大量酸性和碱性有机污染物及重金属造成地表水和地下水的严重污染。同时，在广大的农村地区，居民居住分散，不可能对生活污水进行统一处理，因此，大量生活污水直接排入田间、河流或者湖泊，对农村水环境产生了十分严重的污染。
(二)乡镇企业污染
乡镇企业在农村经济的发展过程中扮演着重要的角色，为农村提供更多的就业机会和财政收入，改善农民的生活条件。但是，由于多数乡镇企业追求效益优先，以及乡镇企业本身条件的限制，生产设备陈旧、生产技术落后以及粗放的生产模式是乡镇企业普遍存在的现象。并且，由于多数乡镇企业布局为紧靠河流或者与农田、农村居民点交织在一起，因此对农田以及农村水体造成了更大程度的污染。特别是，小型纸厂以及化工企业对广大农村水域的污染十分突出。
(三)规模化畜禽养殖污染
规模化畜禽养殖的发展，在推动农业发展、促进农民增收等方面功不可没。但是，农村畜禽养殖多为无序分散状况，而且数量较多。在人口密集的集约化养殖场，其规模和布局没有得到有效控制，没有注意避开人口聚集区，危害直接。相关数据显示，90%规模化养殖场没有经过环境影响评价，60%养殖场缺乏必要的污染防治措施，既没有防渗型水泥池贮存粪尿，也没有相应面积的农田就地消纳，畜禽粪便的还田率只有30%～50%。因此，大量的畜禽粪便、废弃物和废水就直接排放到附近的水体中，严重污染河流和水库，使河道水体变黑、富营养化，导致水藻营养过剩，水体缺氧，水中鱼虾死亡，使人畜共患疾病的发病率提高。
(四)化肥、农药等农业面源污染
近年来，农民为追求农业经济利益，化肥施用量过大，施肥结构不合理，施肥方法不当和施用高毒性、持久性农药的现象比较普遍。目前，中国农业每年的化肥使用量己经超过4000万吨，而利用率却只有30%～40%。单位农田使用的农药比发达国家多出30%～50%，其中10%～20%附在植物体上。而残余的化肥和农药则通过农田排灌水及地表径流等方式进入地表水体，引起地表水体的富营养化，进而渗入到地下，使地下水的总矿化度、总硬度、硝酸盐、亚硝酸盐、氯化物和重金属含量逐渐升高，严重污染地下水的水质，被有机化学药品污染的水难以净化，威胁人类饮用水的安全。
二、我国农村水污染的成因
(一)农村环境保护法律法规体系不健全
我国环境保护法律法规体系关于农村的相对较少或虽有涉及但内容也比较简单、原则。目前的环境立法主要是城市环境立法，以城市为中心，以防治工业污染和城市污染为重点，部分制度和法规对农村环境问题的针对性不强。虽然国家法律法规体系进一步细化，但并没有充分利用国家赋予的地方立法权限，针对地方特点，制定适合于地方具体环境状况与问题的法律法规体系。同时，由于农业自然资源利用和生态保护缺乏统一规范，未能将农村环境、农村自然资源和农村生态保护统一起来。我国农村环境保护立法转型滞后，法制内容分散，目前尚未完全建立适应农村环境保护工作实际需要的法律体系，导致法律体系不能满足农村环境保护现实需求。
(二)公共财政长期忽视对农村的投入
我国环境污染治理投资“重城市、轻农村”，污染防治投资几乎全部投到工业和城市。可以说，城市环境的改善是以牺牲农村环境保护为代价的。我国环保专项资金大多来源于征收的排污费，但由于法律没有明确规定，在环保资金的投入方面，基本仍是以城市的环境治理为取向，农村没有纳入计划。农村环保治理受困于资金的短缺，监测缺乏必要的仪器和设备，造成村庄公共设施短缺，道路、供水、垃圾、污水处理设施等欠账严重。因此，受经济条件、基础设施建设、农村居住分散等条件的限制，很多小城镇和农村还没有生活污水处理系统，相比大中型城市建集中式污水处理厂，小城镇和农村生活污水处理困难。同时，环境监管的不力，项目审批中“先上车，后补票”或“上车后，不买票”的现象时有发生。